PDB-7c0g: Aca1 in complex with 14bp palindromic DNA target

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c0g

タイトル

Aca1 in complex with 14bp palindromic DNA target

要素

Aca1
palindromic DNA target

キーワード

TRANSCRIPTION / CRISPR / anti-CRISPR / anti-CRISPR-associated / DNA binding / autoregulation / Aca1 / complex

機能・相同性

Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / HTH cro/C1-type domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aca1 in complex with 14bp palindromic DNA target
著者: Liu, Y.H. / Zhang, L.S. / Wu, B.X. / Huang, H.D.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c0g.cif.gz	58.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c0g.ent.gz	40.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7c0g_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c0g_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	7c0g_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7c0g_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0g	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6fi5-d 2q2o-d 3u5n-2 2cwz-1 2zcs-d 2m47-d 2o6b-d 5ycp-d 4o46-6 4qnu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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DNA (DNA)
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2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Aca1

B: Aca1

C: palindromic DNA target

D: palindromic DNA target

26.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.727, 68.727, 206.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Aca1 分子量: 8908.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) 遺伝子: JBD30_036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7P845
#2: DNA鎖	palindromic DNA target 分子量: 4281.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium acetate pH5.0; 20%(w/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 12045 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 27.4 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_sym value: 0.133 / Net I/σ(I): 24.333
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.814 / Num. unique obs: 1108 / CC_1/2: 0.385

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	phenix-1.16-3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C0B

7c0b
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2689	-	-
R_work	0.2174	-	-
obs	0.2201	10774	90.02 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1706	0	0	86	1792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0115	1800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4125	2554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0625	275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	239
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.3237	1002

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