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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c0e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase (2-oxobutyrate-bound form) | ||||||
要素 | L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE / L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azospirillum brasilense (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.204 Å | ||||||
データ登録者 | Watanabe, Y. / Ono, A. / Watanabe, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020 タイトル: Biochemical and Structural Characterization of l-2-Keto-3-deoxyarabinonate Dehydratase: A Unique Catalytic Mechanism in the Class I Aldolase Protein Superfamily. 著者: Watanabe, S. / Watanabe, Y. / Nobuchi, R. / Ono, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c0e.cif.gz | 692.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c0e.ent.gz | 575.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c0e_validation.pdf.gz | 540.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c0e_full_validation.pdf.gz | 593.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c0e_validation.xml.gz | 132.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c0e_validation.cif.gz | 183.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35152.902 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: araD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1JUQ0, 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | 溶媒含有率: 37.57 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 22-27% PEG 3350 PH範囲: 8.3-8.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→47.954 Å / Num. obs: 160387 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.266 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.146 / Net I/σ(I): 5.54 / Num. measured all: 709648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7C0C 解像度: 2.204→47.954 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.03 Å2 / Biso mean: 35.5377 Å2 / Biso min: 12.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.204→47.954 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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