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- PDB-7c05: Crystal structure of human Trap1 with DN203495 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c05
タイトルCrystal structure of human Trap1 with DN203495
要素Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
キーワードCHAPERONE / TRAP1 / selectivity / mitochondria / Hsp90 / Anticancer / Drug
機能・相同性
機能・相同性情報


translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / : / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase ...HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FE6 / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Kim, D. / Kim, D. / Kim, S.Y. / Lee, J.H. / Kang, B.H. / Kang, S. / Lee, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2020
タイトル: Development of pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-6-amine-based TRAP1 inhibitors that demonstrate in vivo anticancer activity in mouse xenograft models.
著者: Kim, D. / Kim, S.Y. / Kim, D. / Yoon, N.G. / Yun, J. / Hong, K.B. / Lee, C. / Lee, J.H. / Kang, B.H. / Kang, S.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7792
ポリマ－57,4221
非ポリマー3571
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.891, 69.891, 255.777
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / HSP 75 / TNFR-associated protein 1 / Tumor necrosis factor type 1 receptor-associated protein / TRAP-1


分子量: 57422.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAP1, HSP75 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12931
#2: 化合物 ChemComp-FE6 / 1-[(4-bromanyl-2-fluoranyl-phenyl)methyl]-4-chloranyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-amine


分子量: 356.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8BrClFN5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.76
詳細: 0.1M Cacodylate pH 6.76, 0.1M Ca-acetate, 14% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 20501 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 48.8940709925 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.521 / Num. unique obs: 20501

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Y3N

5y3n


解像度: 2.59→49.42 Å / SU ML: 0.357867561877 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 26.5605219153
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2829 1023 5.00122219506 %
Rwork0.2219 --
obs0.224990276014 20455 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.1610402535 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 20 67 3614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002938960061773618
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5576989368574873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0209146450895534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00183087528547616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.80697942331359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.72740.3357767768231360.2716170179032582X-RAY DIFFRACTION94.9353824659
2.7274-2.89820.3082951268311440.2549702719372734X-RAY DIFFRACTION99.4127806563
2.8982-3.1220.2669251305341440.2391764755972738X-RAY DIFFRACTION99.6542185339
3.122-3.43610.2784277111531440.2276858804112755X-RAY DIFFRACTION99.6905089409
3.4361-3.93310.2581083964111470.2063742150232772X-RAY DIFFRACTION98.9156218231
3.9331-4.95460.2593075473911490.1982082670922837X-RAY DIFFRACTION99.5665221741
4.9546-49.420.3110156644571590.2255322783193014X-RAY DIFFRACTION99.6545226131
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.25597888753-0.254493974711-0.2219770537390.3692274359360.2832387343841.4573710733-0.09361130963750.4553353926240.471859501784-0.316155464488-0.02487396900010.8863774519350.1234185145720.2423341624060.1396108147470.733098460189-0.0319013831221-0.3008223108620.285462180230.03290378925250.64680271409685.72727794620.6329366701722.1756150496
20.665466009503-0.3015641038050.1400101048081.520739389650.4260097821660.260740614339-0.02450278931360.1754792246650.000178396339398-0.3717340799820.08644853423130.278786186207-0.0483460291037-0.0553861721897-0.008494983557720.770707499778-0.0513901423157-0.2942678492190.2569077842540.01965021941290.40999382111582.392912948511.304446506520.691528405
31.02061136224-0.1113071166580.7794256831720.1880146120020.1838075001711.30690619173-0.00210853326767-0.0837301340313-0.1340532255640.04157570132330.1123156211780.1656340800060.117771620764-0.0735280859028-0.1471321825580.609253998867-0.00126118353053-0.3015442774720.4062725617430.1907431410050.58694815279367.272562086737.524373127219.2651957486
40.624578384652-0.1534093258050.04904309894970.3702120341370.02187088107080.584640181261-0.0135556893943-0.09311752111840.02044705545620.1664651820410.242883928610.310592965604-0.389985075051-0.584913808493-0.227535130920.5934286568260.0970865279622-0.1337256175370.6066304276970.375231618460.78904119857948.766819343758.830518693911.397582394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 70 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 297 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 298 through 434 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 435 through 552 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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