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- PDB-7c03: Crystal structure of POLArISact(T57S), genetically encoded probe ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c03
タイトルCrystal structure of POLArISact(T57S), genetically encoded probe for fluorescent polarization
要素POLArISact(T57S)
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Fluorescent protein Fluorescent polarization Protein engineering
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Tomabechi, Y. / Sakai, N. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: POLArIS, a versatile probe for molecular orientation, revealed actin filaments associated with microtubule asters in early embryos.
著者: Sugizaki, A. / Sato, K. / Chiba, K. / Saito, K. / Kawagishi, M. / Tomabechi, Y. / Mehta, S.B. / Ishii, H. / Sakai, N. / Shirouzu, M. / Tani, T. / Terada, S.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLArISact(T57S)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0811
ポリマ－39,0811
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16200 Å2
2
A: POLArISact(T57S)

A: POLArISact(T57S)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1622
ポリマ－78,1622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455-x-1/2,y,-z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area29240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.130, 113.590, 132.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 POLArISact(T57S)


分子量: 39081.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium acetate (pH4.5-5.0), 6-8% (v/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20785 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.912 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Num. unique obs: 45440 / CC1/2: 0.644

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.31 Å46.2 Å
Translation6.31 Å46.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EVP

3evp


解像度: 2.501→46.202 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2379 1999 9.62 %
Rwork0.2141 18786 -
obs0.2165 20785 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.21 Å2 / Biso mean: 89.6744 Å2 / Biso min: 42.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.501→46.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 0 81 2609
Biso mean---73.48 -
残基数----313
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.501-2.56350.43251400.43191319145999
2.5635-2.63280.46561390.381913081447100
2.6328-2.71030.35721420.336613401482100
2.7103-2.79770.34161400.290113201460100
2.7977-2.89770.29931420.276613281470100
2.8977-3.01370.28651420.254513271469100
3.0137-3.15080.25081390.235113171456100
3.1508-3.31690.26431410.219413271468100
3.3169-3.52470.22771440.209413521496100
3.5247-3.79670.21751420.213413311473100
3.7967-4.17850.25711450.203413571502100
4.1785-4.78270.22251440.163813521496100
4.7827-6.02350.19981470.184813751522100
6.0235-46.20940.20121520.216214331585100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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