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- PDB-7bz0: complex structure of alginate lyase AlyF-OU02 with G6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bz0
タイトルcomplex structure of alginate lyase AlyF-OU02 with G6
要素Alginate lyase AlyF-OU02
キーワードLYASE / PL6 / Ca2+-independent / complex / substrate-binding mechanism.
機能・相同性Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Vibrio splendidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, W. / Lyu, Q. / Zhang, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)41706151 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the substrate-binding cleft of AlyF reveal the first long-chain alginate-binding mode.
著者: Zhang, K. / Liu, T. / Liu, W. / Lyu, Q.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase AlyF-OU02
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1383
ポリマ－59,0231
非ポリマー1,1152
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.983, 105.983, 101.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase AlyF-OU02


分子量: 59022.688 Da / 分子数: 1 / 変異: K272A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AlyF is a Ca2+-independent alginate lyase and specially degrades polyG to produce trisaccharides as the main products.
由来: (組換発現) Vibrio splendidus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 多糖 alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid- ...alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1074.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LGulpAa1-4LGulpAa1-4LGulpAa1-4LGulpAa1-4LGulpAa1-4LGulpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a1121A-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4M sodium malonate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 59934 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.8 Å / Num. unique obs: 3022 / Rpim(I) all: 0.457

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ITG

6itg


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.358 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2363 2960 5.1 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.2006 55552 97.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.41 Å2 / Biso mean: 24.211 Å2 / Biso min: 3.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3801 0 74 256 4131
Biso mean--16.2 27.59 -
残基数----496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9771.9585363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9335494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83425.487195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87115620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2781520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023024
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 154 -
Rwork0.338 3056 -
all-3210 -
obs--72.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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