PDB-7bya: Malate Dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bya

タイトル

Malate Dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH) complexed with Oxaloacetic Acid (OAA) and Adenosine 5'-Diphosphoribose (APR)

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Malate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Shimozawa, Y. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Structural analysis and reaction mechanism of malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Shimozawa, Y. / Himiyama, T. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bya.cif.gz	258.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bya.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bya_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bya_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7bya_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	7bya_validation.cif.gz	62.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7bya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7bya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7by8SC 7by9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cl3-1 4lmr-1 2x8l-1 6vdi-1 4plh-d 4plw-d 6j9u-2 7aob-d 3tl2-1 4b7u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.327, 103.220, 150.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 35932.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: mdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A143T1U9, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION 分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0), 16 % PEG 2000 MME, 2 mM OAA, and 2 mM NAD+

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.16 Å / Num. obs: 66776 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / R_merge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. unique obs: 4459 / CC_1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BY8

7by8

解像度: 2.2→49.159 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 5.733 / SU ML: 0.148 / Average fsc free: 0.9153 / Average fsc work: 0.9326 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	3434	5.148 %
R_work	0.1804	63267	-
all	0.183	-	-
obs	-	66701	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.002 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.159 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9375	0	153	250	9778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	9669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.647	13114
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.266	1.578	21831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.886	5	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.936	23.141	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.875	15	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.535	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	8396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	4718
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	303
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.077	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.316	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.536	4.99	4939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.534	4.99	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.542	7.472	6165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.542	7.473	6166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.078	5.463	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.076	5.463	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.857	8.007	6949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.856	8.007	6950
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.923	59.084	10268
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.924	59.068	10256

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.26	267	0.208	4604	0.211	4871	0.912	0.929	0.19
2.257-2.319	0.261	241	0.201	4484	0.204	4725	0.905	0.927	0.182
2.319-2.386	0.291	258	0.2	4343	0.205	4601	0.9	0.922	0.18
2.386-2.459	0.27	229	0.195	4286	0.199	4515	0.907	0.927	0.177
2.459-2.539	0.259	205	0.184	4116	0.188	4321	0.916	0.94	0.169
2.539-2.628	0.281	214	0.19	3981	0.194	4195	0.895	0.932	0.176
2.628-2.727	0.284	195	0.188	3892	0.193	4087	0.906	0.935	0.178
2.727-2.838	0.286	211	0.197	3725	0.202	3936	0.905	0.929	0.189
2.838-2.964	0.257	187	0.195	3576	0.198	3763	0.916	0.932	0.189
2.964-3.108	0.253	196	0.201	3415	0.204	3611	0.916	0.929	0.198
3.108-3.276	0.249	166	0.202	3272	0.204	3438	0.918	0.936	0.203
3.276-3.473	0.261	160	0.205	3116	0.208	3276	0.921	0.94	0.212
3.473-3.712	0.192	177	0.181	2883	0.182	3060	0.959	0.961	0.189
3.712-4.007	0.2	138	0.172	2751	0.174	2889	0.949	0.959	0.185
4.007-4.387	0.19	123	0.15	2520	0.152	2643	0.958	0.966	0.168
4.387-4.9	0.16	110	0.14	2328	0.141	2438	0.878	0.856	0.161
4.9-5.648	0.216	129	0.164	1996	0.167	2125	0.859	0.867	0.186
5.648-6.895	0.222	99	0.163	1767	0.166	1866	0.946	0.964	0.18
6.895-9.657	0.176	82	0.131	1365	0.134	1447	0.967	0.979	0.155
9.657-49.159	0.206	47	0.227	847	0.226	894	0.963	0.956	0.25

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