PDB-7by9: Malate Dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7by9

タイトル

Malate Dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus (gs-MDH) complexed with Oxaloacetic Acid (OAA) and Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD)

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Malate Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Shimozawa, Y. / Nakamura, T. / Himiyama, T. / Nishiya, Y.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Structural analysis and reaction mechanism of malate dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Shimozawa, Y. / Himiyama, T. / Nakamura, T. / Nishiya, Y.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7by9.cif.gz	252.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7by9.ent.gz	197.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7by9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7by9_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7by9_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	7by9_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	7by9_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7by9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/7by9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7by8SC 7byaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hjr-8 1uxj-1 2hjr-9 1u5a-1 1t26-1 1t2e-1 1t2d-1 3om9-d 4plh-d 1oc4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.156, 83.239, 119.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 35932.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: mdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A143T1U9, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION 分子量: 131.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The crystal of wild-type gs-MDH prepared in 0.1 M HEPES (pH 7.5), 10 % polyethylene glycol (PEG) 6000 and 5 % 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) was soaked into the cryo-protectant containing 2 mM OAA and 2 mM NAD+.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 62899 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.966 / R_merge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4635 / CC_1/2: 0.913

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BY8

7by8

解像度: 2.2→39.393 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 3.312 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2848	3047	4.866 %
R_work	0.2235	-	-
all	0.226	-	-
obs	-	62624	99.564 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.024 Å²	-0 Å²	-0.034 Å²
2-	-	0.034 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9332	0	212	34	9578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.648	13134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.188	1.577	21785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.925	5	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.676	23.077	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.495	15	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.038	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	10125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.106	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.203	4.507	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.203	4.506	4917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.537	6.745	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.537	6.746	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.831	4.696	4766
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.831	4.696	4766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.073	6.967	6997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.072	6.967	6998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.314	54.218	10699
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.313	54.221	10700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.111	241	0.059	4396	X-RAY DIFFRACTION	99.8063
2.257-2.319	0.144	217	0.084	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.118	193	0.068	4206	X-RAY DIFFRACTION	99.9773
2.386-2.459	0.152	196	0.085	3999	X-RAY DIFFRACTION	99.8334
2.459-2.54	0.194	201	0.101	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.7356
2.54-2.629	0.223	206	0.136	3779	X-RAY DIFFRACTION	99.3518
2.629-2.728	0.278	211	0.181	3612	X-RAY DIFFRACTION	99.7912
2.728-2.84	0.289	189	0.215	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.966	0.317	159	0.25	3401	X-RAY DIFFRACTION	99.8317
2.966-3.111	0.377	153	0.276	3254	X-RAY DIFFRACTION	99.8827
3.111-3.279	0.329	170	0.285	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.6305
3.279-3.477	0.311	147	0.281	2921	X-RAY DIFFRACTION	99.3202
3.477-3.717	0.341	138	0.283	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.7245
3.717-4.015	0.363	147	0.269	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.9257
4.015-4.398	0.275	128	0.239	2346	X-RAY DIFFRACTION	100
4.398-4.916	0.299	104	0.217	2148	X-RAY DIFFRACTION	99.5579
4.916-5.675	0.302	77	0.254	1902	X-RAY DIFFRACTION	99.6475
5.675-6.946	0.302	78	0.255	1620	X-RAY DIFFRACTION	98.951
6.946-9.807	0.268	49	0.227	1235	X-RAY DIFFRACTION	98.3908
9.807-39.393	0.274	43	0.262	634	X-RAY DIFFRACTION	88.9619

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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