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- PDB-7bx9: Purification, characterization and X-ray structure of YhdA-type a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bx9
タイトルPurification, characterization and X-ray structure of YhdA-type azoreductase from Bacillus velezensis
要素Azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Azo reductase / Azr / FMN / FLAVOPROTEIN
機能・相同性: / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavoprotein-like superfamily / oxidoreductase activity / nucleotide binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Azoreductase
機能・相同性情報
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Khan, F. / Suguna, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Purification, characterization, and crystal structure of YhdA-type azoreductase from Bacillus velezensis.
著者: Bafana, A. / Khan, F. / Suguna, K.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6448
ポリマ－18,6321
非ポリマー1,0127
水3,963220
1
A: Azoreductase
ヘテロ分子

A: Azoreductase
ヘテロ分子

A: Azoreductase
ヘテロ分子

A: Azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,57732
ポリマ－74,5304
非ポリマー4,04728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area17710 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area23110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.430, 102.470, 65.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-362-

HOH

31A-378-

HOH

41A-446-

HOH

51A-479-

HOH

61A-481-

HOH

71A-511-

HOH

81A-514-

HOH

91A-519-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Azoreductase


分子量: 18632.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: azr / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B3VPZ9
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: 0.05 M Potassium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→36.71 Å / Num. obs: 51008 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 11.69 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.38→1.41 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2504 / CC1/2: 0.792

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.1_3469精密化
REFMAC5.8.0258精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSW

2gsw


解像度: 1.38→30.97 Å / SU ML: 0.1158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.2304
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1515 2693 5.28 %
Rwork0.1306 48313 -
obs0.1317 51006 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→30.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1297 0 66 220 1583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00471407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77561897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6764843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.410.26581530.20632504X-RAY DIFFRACTION99.96
1.41-1.430.16281390.16632515X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.460.18841250.14372539X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.50.15391620.13412478X-RAY DIFFRACTION99.96
1.5-1.530.15691350.12122515X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.570.14511400.11732544X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.610.12691390.1112502X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.660.16071420.11462537X-RAY DIFFRACTION99.89
1.66-1.710.13081370.11492527X-RAY DIFFRACTION99.81
1.71-1.770.14371590.11772479X-RAY DIFFRACTION99.89
1.77-1.840.16531350.12212539X-RAY DIFFRACTION99.78
1.84-1.930.15021520.1182536X-RAY DIFFRACTION99.93
1.93-2.030.1331390.11862545X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.160.1511400.11842531X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.320.13671420.1242556X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.560.15811210.12752579X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.930.1431490.13892570X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.690.15311440.1252606X-RAY DIFFRACTION100
3.69-30.970.15481400.15022711X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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