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万見
- PDB-7bwi: Solution structure of recombinant APETx1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bwi
タイトルSolution structure of recombinant APETx1
要素Kappa-actitoxin-Ael2a
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
BDS potassium channel toxin / Potassium-channel blocking toxin / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa-actitoxin-Ael2a
類似検索 - 構成要素
生物種Anthopleura elegantissima (イソギンチャク)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Matsumura, K. / Kobayashi, N. / Kurita, J. / Nishimura, Y. / Yokogawa, M. / Imai, S. / Shimada, I. / Osawa, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H03978 日本
引用ジャーナル: Bmc Mol Cell Biol / 年: 2021
タイトル: Mechanism of hERG inhibition by gating-modifier toxin, APETx1, deduced by functional characterization.
著者: Matsumura, K. / Shimomura, T. / Kubo, Y. / Oka, T. / Kobayashi, N. / Imai, S. / Yanase, N. / Akimoto, M. / Fukuda, M. / Yokogawa, M. / Ikeda, K. / Kurita, J.I. / Nishimura, Y. / Shimada, I. / Osawa, M.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-actitoxin-Ael2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5611
ポリマ－4,5611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kappa-actitoxin-Ael2a / Kappa-AITX-Ael2a / Toxin APETx1


分子量: 4561.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anthopleura elegantissima (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61541
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D CBCA(CO)NH
161isotropic23D HNCO
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
171isotropic23D (H)CCH-COSY
1121isotropic23D 1H-15N TOCSY
1151isotropic23D 1H-15N NOESY
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.691 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] APETx1, 20 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: APETx1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.691 mMAPETx1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 120 mM / Label: APETx1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7001
Bruker Avance 600BrukerAvance 6006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
MAGRO2.01.28Kobayashi, N.peak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
MAGRO2.01.28Kobayashi, N.データ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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