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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bw9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Serine acetyltransferase isoform 3 in complex with cysteine from Entamoeba histolytica | ||||||
要素 | Serine acetyltransferase 1, putative | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Left handed beta-helical (LBH) domain / serine acetyltransferase / Cysteine biosynthesis / Cysteine synthase Complex. | ||||||
機能・相同性 | Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / CYSTEINE / Serine O-acetyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.131 Å | ||||||
データ登録者 | Dharavath, S. / Kumar, S. / Gourinath, S. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Serine acetyltransferase isoform 3 in complex with cysteine from Entamoeba histolytica 著者: Dharavath, S. / Kumar, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bw9.cif.gz | 181.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bw9.ent.gz | 142.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bw9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bw9_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bw9_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bw9_validation.cif.gz | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bw9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3p47S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37738.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: KM1_023830 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M7WGH7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M KSCN, 0.2 M KBr, 25 % PEG 3350 PH範囲: 7.2 - 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 48708 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.95 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.17 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2424 / CC1/2: 0.82 / CC star: 0.95 / Rpim(I) all: 0.28 / Χ2: 0.767 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3p47 解像度: 2.131→39.54 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.28 Å2 / Biso mean: 27.8204 Å2 / Biso min: 8.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.131→39.54 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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