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- PDB-7bw1: Crystal structure of Steroid 5-alpha-reductase 2 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bw1
タイトルCrystal structure of Steroid 5-alpha-reductase 2 in complex with Finasteride
要素3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Integral membrane protein / Reductase / Steroid
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) / : / 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase activity / Androgen biosynthesis / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / androgen biosynthetic process / testosterone biosynthetic process / male genitalia development / steroid biosynthetic process ...3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) / : / 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase activity / Androgen biosynthesis / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / androgen biosynthetic process / testosterone biosynthetic process / male genitalia development / steroid biosynthetic process / androgen metabolic process / male gonad development / cell-cell signaling / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase, C-terminal / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase/very-long-chain enoyl-CoA reductase / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase / Steroid 5-alpha reductase C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDX / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xiao, Q. / Zhang, C. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770791 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971131 中国
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2020
タイトル: Structure of human steroid 5 alpha-reductase 2 with anti-androgen drug finasteride.
著者: Xiao, Q. / Wang, L. / Supekar, S. / Shen, T. / Liu, H. / Ye, F. / Huang, J. / Fan, H. / Wei, Z. / Zhang, C.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3605
ポリマ－28,6941
非ポリマー1,6674
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.449, 107.449, 103.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2 / 5 alpha-SR2 / SR type 2 / Steroid 5-alpha-reductase 2 / S5AR 2 / Type II 5-alpha reductase


分子量: 28693.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRD5A2
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P31213, 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-NDX / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S},3~{a}~{S},3~{b}~{S},5~{a}~{R},8~{S},9~{a}~{R},9~{b}~{S},11~{a}~{S})-1-(~{tert}-butylcarbamoyl)-9~{a},11~{a}-dimethyl-7-oxidanylidene-1,2,3,3~{a},3~{b},4,5,5~{a},6,8,9,9~{b},10,11-tetradecahydroindeno[5,4-f]quinolin-8-yl]-3-aminocarbonyl-4~{H}-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 1117.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H66N9O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30% v/v PEG600, 100mM tris-sodium citrate ph5.0, 100mM sodium chloride, 100mM Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 9161 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 68.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.248 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.261 / Χ2: 1.131 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.856.81.2744360.4150.5151.380.474100
2.85-2.96.71.1524530.6590.4741.250.503100
2.9-2.968.31.5314420.5930.5281.6250.491100
2.96-3.028.81.2944280.6630.4321.3690.597.7
3.02-3.0810.11.274510.7340.3961.3340.51999.8
3.08-3.1510.31.184500.8210.3591.2370.565100
3.15-3.2310.21.0344410.7840.3241.0870.59100
3.23-3.329.90.8324580.9090.2640.8760.606100
3.32-3.4210.70.6924400.920.2080.7250.639100
3.42-3.5310.80.5484460.9490.1650.5740.69100
3.53-3.6510.50.4474560.9530.1360.4690.804100
3.65-3.810.40.3414520.9590.1050.3580.959100
3.8-3.979.80.2884580.9740.0920.3041.18998.9
3.97-4.1810.40.2344610.9810.0720.2461.352100
4.18-4.449.70.1914570.9830.0610.2011.67199.8
4.44-4.7910.50.1574600.9870.0480.1641.929100
4.79-5.27100.1454690.9930.0440.1522.169100
5.27-6.039.40.1554770.9890.050.1641.756100
6.03-7.589.60.1214900.9940.040.1281.85499.8
7.58-408.50.0835360.9990.0320.092.64799.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→35.171 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 473 5.17 %
Rwork0.2391 --
obs0.2406 9155 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 188.8 Å2 / Biso mean: 75.84 Å2 / Biso min: 39.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→35.171 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 110 0 2036
Biso mean--66.5 --
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7652881
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.902769
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8-3.1850.33581260.2966273195
3.185-4.01180.27241570.25312898100
4.0118-35.1710.25111900.21963053100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1226-2.24320.65977.47821.74460.9887-0.1604-0.74090.37320.67280.8475-0.0205-0.36191.0998-0.70740.53490.03670.10640.71990.01670.5411-22.063610.676633.7347
23.180.0964-1.51443.15830.28093.2868-0.06380.3617-0.0248-0.8240.08470.2007-0.6971-0.0082-0.03090.6125-0.0019-0.13440.50540.03530.4389-33.555317.246524.3089
33.76580.8886-0.21054.11481.42994.88180.05540.01970.0172-0.2388-0.0508-0.03770.5997-0.16640.06420.5512-0.015-0.10610.38-0.04060.4045-37.58396.417136.0828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 48 )A5 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 180 )A49 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 254 )A181 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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