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Yorodumi- PDB-7bw1: Crystal structure of Steroid 5-alpha-reductase 2 in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bw1 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Steroid 5-alpha-reductase 2 in complex with Finasteride | |||||||||
Components | 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Integral membrane protein / Reductase / Steroid | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) / : / 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase activity / Androgen biosynthesis / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / androgen biosynthetic process / testosterone biosynthetic process / male genitalia development / steroid biosynthetic process ...3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) / : / 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase activity / Androgen biosynthesis / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / androgen biosynthetic process / testosterone biosynthetic process / male genitalia development / steroid biosynthetic process / androgen metabolic process / male gonad development / cell-cell signaling / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / cell differentiation / endoplasmic reticulum membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Xiao, Q. / Zhang, C. / Wei, Z. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Res Sq / Year: 2020 Title: Structure of human steroid 5 alpha-reductase 2 with anti-androgen drug finasteride. Authors: Xiao, Q. / Wang, L. / Supekar, S. / Shen, T. / Liu, H. / Ye, F. / Huang, J. / Fan, H. / Wei, Z. / Zhang, C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bw1.cif.gz | 111.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bw1.ent.gz | 90.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bw1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7bw1_validation.pdf.gz | 983.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7bw1_full_validation.pdf.gz | 983.6 KB | Display | |
Data in XML | 7bw1_validation.xml.gz | 11.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7bw1_validation.cif.gz | 14.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/7bw1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28693.520 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SRD5A2 / Production host: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM References: UniProt: P31213, 3-oxo-5alpha-steroid 4-dehydrogenase (NADP+) | ||
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#2: Chemical | ChemComp-OLC / ( | ||
#3: Chemical | ChemComp-NDX / [[( | ||
#4: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase Details: 30% v/v PEG600, 100mM tris-sodium citrate ph5.0, 100mM sodium chloride, 100mM Lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 21, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→40 Å / Num. obs: 9161 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 68.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.248 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.261 / Χ2: 1.131 / Net I/σ(I): 3.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→35.171 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 188.8 Å2 / Biso mean: 75.84 Å2 / Biso min: 39.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→35.171 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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