+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bvk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | UDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase GnnA from Acidithiobacillus ferrooxidans (P212121) | ||||||
要素 | Oxidoreductase, NAD-binding | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / GnnA / UDP-GlcNAc / lipopolysaccharide / UDP-N-acetylglucosamine 3-dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Oxidoreductase, NAD-binding 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wangkanont, K. | ||||||
資金援助 | タイ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Biochemical and Structural Investigation of GnnA in the Lipopolysaccharide Biosynthesis Pathway of Acidithiobacillus ferrooxidans . 著者: Manissorn, J. / Sitthiyotha, T. / Montalban, J.R.E. / Chunsrivirot, S. / Thongnuek, P. / Wangkanont, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bvk.cif.gz | 131.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7bvk.ent.gz | 100.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bvk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bvk_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7bvk_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7bvk_validation.xml.gz | 25.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bvk_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bvk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35163.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic gene, codon optimized 由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (strain ATCC 23270 / DSM 14882 / CIP 104768 / NCIMB 8455) (バクテリア) 株: ATCC 23270 / DSM 14882 / CIP 104768 / NCIMB 8455 / 遺伝子: AFE_1457 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: B7JA34 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 % / Mosaicity: 0.28 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: batch mode / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, 200 mM Ammonium Sulfate, 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.999999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→19.76 Å / Num. obs: 17552 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 125291 / Scaling rejects: 86 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7BVJ 解像度: 2.7→19.76 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.63 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.14 Å2 / Biso mean: 42.2284 Å2 / Biso min: 16.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→19.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
|