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万見
- PDB-7bvb: Crystal structure of UDP-N-acetylmuramic Acid L-alanine ligase (M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bvb
タイトルCrystal structure of UDP-N-acetylmuramic Acid L-alanine ligase (MurC) from Mycobacterium bovis in complex with UDP-N-acetylglucosamine
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / MurC / Peptidoglycan / UDP-GlcNAc
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily ...UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / : / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.191 Å
データ登録者Seo, P.W. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019R1I1A3A01061866 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of UDP-N-acetylmuramic acid L-alanine ligase (MurC) from Mycobacterium bovis with and without UDP-N-acetylglucosamine.
著者: Seo, P.W. / Park, S.Y. / Hofmann, A. / Kim, J.S.
履歴
登録2020年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1516
ポリマ－108,8052
非ポリマー1,3464
水1,36976
1
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0763
ポリマ－54,4031
非ポリマー6732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
2
B: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0763
ポリマ－54,4031
非ポリマー6732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.285, 75.762, 104.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 54402.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium bovis (strain ATCC BAA-935 / AF2122/97) (結核菌)
遺伝子: murC, BQ2027_MB2176C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P65473, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl, 30% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 2mM UNAG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 16184 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 58.33 Å2 / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 3.19→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Num. unique obs: 811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HV4

4hv4


解像度: 3.191→39.251 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 971 6.01 %
Rwork0.1946 --
obs0.1978 16161 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.34 Å2 / Biso mean: 53.0862 Å2 / Biso min: 31.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.191→39.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6825 0 80 76 6981
Biso mean--64.48 51.01 -
残基数----938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5499552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1944149
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.191-3.3590.28561270.2472201290
3.359-3.56940.27031380.2145214998
3.5694-3.84470.2551410.2071219999
3.8447-4.23120.26331350.1895216499
4.2312-4.84260.22791450.1771218899
4.8426-6.09740.27641420.2048220899
6.0974-39.2510.20421430.1713227099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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