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万見
- PDB-7bv5: Crystal structure of the yeast heterodimeric ADAT2/3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bv5
タイトルCrystal structure of the yeast heterodimeric ADAT2/3
要素
  • tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2
  • tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3
キーワードHYDROLASE / deaminase / inosine / auto-inhibition / RNA binding protein / RNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-specific adenosine-34 deaminase complex / tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / tRNA-specific adenosine deaminase activity / tRNA modification / peroxisome / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2 / tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xie, W. / Liu, X. / Chen, R. / Sun, Y. / Chen, R. / Zhou, J. / Tian, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700657 中国
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the yeast heterodimeric ADAT2/3 deaminase.
著者: Liu, X. / Chen, R. / Sun, Y. / Chen, R. / Zhou, J. / Tian, Q. / Tao, X. / Zhang, Z. / Luo, G.Z. / Xie, W.
履歴
登録2020年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2
B: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2
C: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3
D: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,9178
ポリマ－132,6564
非ポリマー2624
水1,946108
1
A: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2
C: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4594
ポリマ－66,3282
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
2
B: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2
D: tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4594
ポリマ－66,3282
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.591, 118.543, 91.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD2 / ATADT2 / tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit TAD2


分子量: 28589.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAD2, YJL035C, J1246 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47058, tRNA(adenine34) deaminase
#2: タンパク質 tRNA-specific adenosine deaminase subunit TAD3 / ADAT3 / tRNA-specific adenosine-34 deaminase subunit TAD3


分子量: 37738.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAD3, YLR316C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9URQ3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20-25% PEG 400, 0.1 M MES (pH 6.0-6.5) / PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 37634 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3637 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DH1

3dh1


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.992 / ESU R Free: 0.349
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 1889 5 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2027 37444 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.18 Å2 / Biso mean: 56.2056 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8097 0 4 108 8209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9511204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.8583.00117260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85151051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56624.462381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.993151329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2651553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6285.5894234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6285.5894233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8128.3675275
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 113 -
Rwork0.297 2496 -
all-2609 -
obs--95.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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