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- PDB-7buj: mcGAS bound with pppGpG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7buj
タイトルmcGAS bound with pppGpG
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードIMMUNE SYSTEM / mcGAS / DNA-bingding / activator / inverted-orientation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / nucleosome binding / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Wang, B. / Su, X.D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31830022 and 81621001 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Mn2+Directly Activates cGAS and Structural Analysis Suggests Mn2+Induces a Noncanonical Catalytic Synthesis of 2'3'-cGAMP.
著者: Zhao, Z. / Ma, Z. / Wang, B. / Guan, Y. / Su, X.D. / Jiang, Z.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
B: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,42212
ポリマ－103,2992
非ポリマー2,12310
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.798, 109.632, 75.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / m-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 51649.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cgas, Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase

-
非ポリマー , 5種, 186分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES, 20 % w/v PEG-4000, pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42079 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.797 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 266589
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.144.50.69519030.7580.3390.7780.53689.1
2.14-2.184.90.67219730.7270.3190.7480.59794.3
2.18-2.225.10.59820770.8280.2780.6620.62297.7
2.22-2.265.50.52420980.8670.2380.5780.63197.4
2.26-2.315.60.48621150.8890.2210.5360.63499.8
2.31-2.375.60.42221040.910.1920.4650.71697.8
2.37-2.426.20.42820920.9280.1850.4670.69698.6
2.42-2.496.70.35521060.9580.1470.3850.71398.8
2.49-2.566.90.32321060.9610.1320.3490.728100
2.56-2.656.90.27321400.9710.1120.2960.7399.1
2.65-2.746.80.21921160.9750.0910.2370.77799.9
2.74-2.856.60.16821240.9870.070.1830.78499.2
2.85-2.986.50.13521010.990.0560.1460.78399
2.98-3.147.10.11421480.9910.0460.1230.96599.9
3.14-3.337.10.09221390.9930.0370.10.87599.9
3.33-3.596.90.07821180.9950.0320.0840.98499.8
3.59-3.956.50.06721480.9960.0280.0731.02299.5
3.95-4.527.20.05821250.9970.0230.0631.02100
4.52-5.76.70.05321610.9970.0220.0570.9399.5
5.7-506.80.04321850.9980.0180.0460.82599.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.83 Å47.71 Å
Translation6.83 Å47.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-2000v715データ削減
HKL-2000v715データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K96

4k96


解像度: 2.13→47.708 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 1983 4.72 %
Rwork0.2162 --
obs0.2192 42029 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.68 Å2 / Biso mean: 65.1814 Å2 / Biso min: 33.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→47.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5977 0 116 176 6269
Biso mean--62.97 66.29 -
残基数----723
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1303-2.18360.3411014.720.3038213871
2.1836-2.24270.33161430.2953274595
2.2427-2.30870.33321390.2812285697
2.3087-2.38320.33981500.2742292999
2.3832-2.46830.32611410.2679286598
2.4683-2.56720.31261430.2539293199
2.5672-2.6840.29481510.2466292499
2.684-2.82550.32821480.2424294599
2.8255-3.00250.3331380.2421291799
3.0025-3.23430.29551450.23972955100
3.2343-3.55960.27671440.21792922100
3.5596-4.07450.24861440.2012968100
4.0745-5.13250.25321470.17962976100
5.1325-47.7080.25931490.1976297599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.1475 Å / Origin y: 1.0219 Å / Origin z: -17.3382 Å
111213212223313233
T0.3688 Å2-0.0178 Å20.0321 Å2-0.4117 Å2-0.0481 Å2--0.366 Å2
L0.9334 °2-0.2198 °20.3705 °2-0.4821 °2-0.2548 °2--0.52 °2
S-0.0003 Å °-0.078 Å °0.1159 Å °0.0673 Å °-0.0213 Å °-0.0407 Å °-0.0613 Å °-0.0565 Å °0.0356 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA147 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION1allB146 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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