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- PDB-7bu3: Structure of alcohol dehydrogenase YjgB in complex with NADP from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bu3
タイトルStructure of alcohol dehydrogenase YjgB in complex with NADP from Escherichia coli
要素(Alcohol dehydrogenase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / fatty acid metabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alcohol dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase / Aldehyde reductase Ahr
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nguyen, G.T. / Kim, Y.-G. / Ahn, J.-W. / Chang, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019R1A2C4069796 韓国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Broad Substrate Selectivity of Alcohol Dehydrogenase YjgB from Escherichia coli .
著者: Nguyen, G.T. / Kim, Y.G. / Ahn, J.W. / Chang, J.H.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,76213
ポリマ－72,4842
非ポリマー2,27811
水10,647591
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.970, 138.990, 168.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase / Aldehyde reductase Ahr / NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr


分子量: 36146.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ahr, AWG90_000500, B9M99_17975, B9T59_09540, C6B13_12130, CDC27_23140, D2188_25420, D3P01_20900, D9G11_20970, D9I87_13335, DND16_13855, DNQ45_13310, DU321_18055, E0L12_15935, ECONIH1_ ...遺伝子: ahr, AWG90_000500, B9M99_17975, B9T59_09540, C6B13_12130, CDC27_23140, D2188_25420, D3P01_20900, D9G11_20970, D9I87_13335, DND16_13855, DNQ45_13310, DU321_18055, E0L12_15935, ECONIH1_25310, ELV08_20515, EQ830_17095, EXX23_18790, EXX53_16635, FNJ83_00500, FV293_01340, MS6198_49940
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A094VUC2, UniProt: P27250*PLUS, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: タンパク質 Alcohol dehydrogenase / Aldehyde reductase Ahr / Aldehyde reductase / NADPH-dependent / Zn-containing / broad specificity / ...Aldehyde reductase Ahr / Aldehyde reductase / NADPH-dependent / Zn-containing / broad specificity / NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr / Oxidoreductase / YjgB / Zinc-binding dehydrogenase family protein


分子量: 36337.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: yjgB, ahr, A9P13_23120, A9X72_22295, AC789_1c46870, AM446_24685, AM464_15880, AUQ13_10955, AWP75_26740, BE963_12920, BON76_03580, BON87_21450, BvCms2454_04261, BvCmsKKP061_04826, ...遺伝子: yjgB, ahr, A9P13_23120, A9X72_22295, AC789_1c46870, AM446_24685, AM464_15880, AUQ13_10955, AWP75_26740, BE963_12920, BON76_03580, BON87_21450, BvCms2454_04261, BvCmsKKP061_04826, BvCmsKSP011_04570, BvCmsKSP024_01161, BvCmsKSP045_03147, BvCmsKSP067_02166, BvCmsNSP047_01920, CRX46_16815, D9J60_11645, DJ503_08680, DS732_03420, DU309_23350, EC3234A_79c00790, ERS085365_04790, ERS085374_04180, ERS085416_04717, ERS139211_04850, EYY27_20520, FNJ69_20595, NCTC8959_04532, NCTC9050_02355, NCTC9077_05531, NCTC9117_05474, PGD_03453, SAMEA3472056_04737, WR15_06500, YDC107_2991
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A024L8S1, UniProt: P27250*PLUS, alcohol dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 602分子

#3: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0, 16% (w/v) PEG 3350 , 0.2 M Lithium Sulfate, 5 mM NADPH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→29.55 Å / Num. obs: 134685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.07
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Num. unique obs: 9859 / CC1/2: 0.038

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3845: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 7BU2

7bu2


解像度: 2→29.55 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 3829 3.84 %
Rwork0.1601 --
obs0.1616 99594 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 134 591 5809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9037235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.005772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.30571430.22823581X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.050.27631390.20573515X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.080.28311410.20773577X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.110.27951420.20343523X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.140.28281420.19563548X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.170.25511440.18143586X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.19741420.18193491X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.250.20871460.18533563X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.290.21731440.18793521X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.330.22071410.17473534X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.2551450.17923538X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.430.24621430.17383555X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.490.22251430.17773575X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.550.19221400.17563538X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.620.22671410.17863542X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.70.25411420.16573519X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.780.19841370.17183570X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.880.22331450.16393540X-RAY DIFFRACTION100
2.88-30.23381410.16273549X-RAY DIFFRACTION100
3-3.140.16231400.15633558X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.30.19841400.15293546X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.510.17571380.14453548X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.780.1831440.14213544X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.160.151420.13353524X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.760.13611440.123590X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.980.18581390.15123540X-RAY DIFFRACTION100
5.98-29.550.1831410.14983550X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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