PDB-7bt9: Mevo lectin complex with alpha-mannose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bt9

タイトル

Mevo lectin complex with alpha-mannose

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold lectin / Archeal lectin / heptamer / ring shape structure

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta / alpha-D-mannopyranose / Jacalin-type lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Structural and related studies on Mevo lectin from Methanococcus voltae A3: the first thorough characterization of an archeal lectin and its interactions.
著者: Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

履歴

登録	2020年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bt9.cif.gz	363.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bt9.ent.gz	296.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bt9_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bt9_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	7bt9_validation.xml.gz	66.2 KB	表示
CIF形式データ	7bt9_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7bt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7bt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsbC 7bsmSC 7bsnC 7bt8C 7bthC 7btlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bsb-1 7bsm-1 7bsn-2 7bsb-2 7bsn-1 7bt8-d 7bth-d 7bsm-2 7btl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: lectin

G: lectin

A: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

C: lectin

H: lectin

I: lectin

J: lectin

K: lectin

L: lectin

M: lectin

N: lectin

ヘテロ分子

223 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: lectin

G: lectin

A: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

C: lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, protein elutes as heptamer
112 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: lectin

I: lectin

J: lectin

K: lectin

L: lectin

M: lectin

N: lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
112 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.849, 168.849, 193.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

lectin

分子量: 15783.812 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanococcus voltae (strain ATCC BAA-1334 / A3) (古細菌)
株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 6%(v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25%(w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→96.82 Å / Num. obs: 101188 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.45→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 13609 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BSM

7bsm

解像度: 2.45→84.567 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / WR_factor R_free: 0.285 / WR_factor R_work: 0.245 / Average fsc free: 0.7787 / Average fsc work: 0.797 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2837	5072	5.028 %
R_work	0.2423	95803	-
all	0.244	-	-
obs	-	100875	98.115 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.231 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.301 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.301 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→84.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14576	0	168	0	14744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	15004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	13803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.891	1.653	20272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.477	1.595	32020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.467	5	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.081	24.243	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.34	15	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.923	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	16695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	12865
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	7073
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	6438
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.279	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.413	3.802	7776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.413	3.802	7775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.286	5.697	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.286	5.697	9693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.702	4.128	7228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.702	4.128	7228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.691	6.057	10580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.691	6.057	10581
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.956	72.938	60157
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.957	72.936	60153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.514	0.404	346	0.386	6416	X-RAY DIFFRACTION	90.0999
2.514-2.582	0.393	348	0.379	6485	X-RAY DIFFRACTION	93.8599
2.582-2.657	0.411	372	0.36	6433	X-RAY DIFFRACTION	95.3482
2.657-2.739	0.388	305	0.337	6436	X-RAY DIFFRACTION	97.3711
2.739-2.829	0.315	333	0.285	6322	X-RAY DIFFRACTION	99.136
2.829-2.928	0.314	316	0.256	6168	X-RAY DIFFRACTION	99.6618
2.928-3.039	0.288	305	0.241	5969	X-RAY DIFFRACTION	99.8727
3.039-3.163	0.277	310	0.221	5723	X-RAY DIFFRACTION	99.9337
3.163-3.303	0.294	280	0.234	5536	X-RAY DIFFRACTION	99.8798
3.303-3.464	0.261	293	0.22	5281	X-RAY DIFFRACTION	99.7495
3.464-3.651	0.273	270	0.234	5000	X-RAY DIFFRACTION	99.6973
3.651-3.873	0.288	234	0.228	4787	X-RAY DIFFRACTION	99.7219
3.873-4.14	0.272	256	0.219	4469	X-RAY DIFFRACTION	99.4946
4.14-4.471	0.205	218	0.184	4182	X-RAY DIFFRACTION	99.525
4.471-4.897	0.234	199	0.173	3862	X-RAY DIFFRACTION	99.4855
4.897-5.474	0.255	201	0.198	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.7059
5.474-6.319	0.279	154	0.242	3145	X-RAY DIFFRACTION	99.8185
6.319-7.735	0.25	146	0.231	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.8941
7.735-10.918	0.244	106	0.239	2128	X-RAY DIFFRACTION	99.9106
10.918-12.7	0.278	80	0.326	1250	X-RAY DIFFRACTION	99.8499

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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