PDB-7bt8: Mevo lectin complex with mannotriose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bt8

タイトル

Mevo lectin complex with mannotriose

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold lectin / Archeal lectin / heptamer / ring shape structure

機能・相同性

Jacalin-like lectin domain superfamily / Jacalin-type lectin domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Methanococcus voltae (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Structural and related studies on Mevo lectin from Methanococcus voltae A3: the first thorough characterization of an archeal lectin and its interactions.
著者: Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

履歴

登録	2020年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bt8.cif.gz	195.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bt8.ent.gz	154.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bt8_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bt8_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7bt8_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	7bt8_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7bt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/7bt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsbSC 7bsmC 7bsnC 7bt9C 7bthC 7btlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bsn-2 7bsm-1 7bsb-1 7bsn-1 7bt9-2 7btl-d 7bt9-1 7bsb-2 7bsm-2 7bth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: lectin

G: lectin

A: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

C: lectin

ヘテロ分子

109 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.770, 157.220, 163.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質

lectin

分子量: 15210.124 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanococcus voltae (strain ATCC BAA-1334 / A3) (古細菌)
株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 6%(v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25%(w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→54.39 Å / Num. obs: 39930 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5790 / CC_1/2: 0.68 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BSB

7bsb

解像度: 2.7→54.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.286 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	2027	5.086 %
R_work	0.2099	-	-
all	0.211	-	-
obs	-	39930	99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.967 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.156 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.532 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.624 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→54.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7220	0	162	61	7443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	7505
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.018	6867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.663	1.659	10131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.427	1.606	15947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.437	5	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.264	24.482	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.628	15	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.943	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.013	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	6273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.119	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.271	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.425	3.999	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.426	3.998	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.351	5.987	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.351	5.987	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.923	4.371	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.922	4.371	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.882	6.399	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.882	6.4	5332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.131	77.124	30010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.131	77.124	30004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.378	121	0.324	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.846	0.341	145	0.313	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.8594
2.846-2.928	0.272	161	0.283	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.8931
2.928-3.019	0.302	142	0.259	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.7769
3.019-3.117	0.276	170	0.256	2457	X-RAY DIFFRACTION	99.5453
3.117-3.227	0.256	129	0.235	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.348	0.224	130	0.217	2329	X-RAY DIFFRACTION	99.2733
3.348-3.485	0.231	121	0.208	2267	X-RAY DIFFRACTION	99.005
3.485-3.64	0.257	101	0.224	2144	X-RAY DIFFRACTION	99.911
3.64-3.817	0.214	88	0.2	2058	X-RAY DIFFRACTION	98.7121
3.817-4.024	0.232	119	0.2	1958	X-RAY DIFFRACTION	98.3894
4.024-4.267	0.184	88	0.172	1861	X-RAY DIFFRACTION	98.7836
4.267-4.561	0.159	81	0.149	1734	X-RAY DIFFRACTION	98.5342
4.561-4.926	0.153	70	0.143	1656	X-RAY DIFFRACTION	97.9569
4.926-5.395	0.187	83	0.161	1477	X-RAY DIFFRACTION	97.561
5.395-6.031	0.193	63	0.185	1370	X-RAY DIFFRACTION	97.0867
6.031-6.96	0.232	65	0.196	1186	X-RAY DIFFRACTION	95.0608
6.96-8.516	0.211	67	0.2	997	X-RAY DIFFRACTION	95.7696
8.516-12.01	0.219	50	0.207	800	X-RAY DIFFRACTION	94.1307
12.01-13.5	0.397	33	0.3	445	X-RAY DIFFRACTION	88.0295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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