PDB-7bso: Crystal structure of the human NLRP9 pyrin domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bso

タイトル

Crystal structure of the human NLRP9 pyrin domain

要素

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 9

キーワード

APOPTOSIS / sensor component / NLRP9 inflammasome

機能・相同性

機能・相同性情報

canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / pyroptotic inflammatory response / regulation of inflammatory response / defense response to virus / innate immune response / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Park, H.H. / Ha, H.J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the human NLRP9 pyrin domain reveals a bent N-terminal loop that may regulate inflammasome assembly.
著者: Ha, H.J. / Park, H.H.

履歴

登録	2020年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bso.cif.gz	33.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bso.ent.gz	20.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bso_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bso_full_validation.pdf.gz	430 KB	表示
XML形式データ	7bso_validation.xml.gz	5.5 KB	表示
CIF形式データ	7bso_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ewiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pa6-1 4mno-d 4ewi-1 3vxw-d 4s1z-2 2x4j-d 6r0s-2 1axx-d 1kaf-1 6jk4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 9

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.970, 33.685, 49.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.397, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 9 / Nucleotide-binding oligomerization domain protein 6 / PYRIN and NACHT-containing protein 12 分子量: 12807.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP9, NALP9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7RTR0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 9 / Nucleotide-binding oligomerization domain protein 6 / PYRIN and NACHT-containing protein 12

分子量: 12807.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP9, NALP9 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7RTR0

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.95 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20%(w/v) PEG MME 2,000 0.1M Tris pH 8.5 0.2M Trimethylamine n-oxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→28.08 Å / Num. obs: 5035 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 22.28
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 306 / R_sym value: 0.533

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EWI

4ewi

解像度: 2.08→28.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2825	272	5.402 %
R_work	0.2133	-	-
all	0.217	-	-
obs	-	5035	97.748 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.624 Å²	-0 Å²	2.149 Å²
2-	-	-0.397 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.982 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→28.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	786	0	0	14	800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.032	0.017	795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.639	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.104	1.595	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.555	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.122	23.571	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.71	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.648	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.243	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.199	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.164	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.314	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.098	3.919	358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.038	3.915	357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.923	5.838	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.956	5.837	445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.159	4.324	449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.153	4.322	450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.485	6.344	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.48	6.342	637
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.009	45.856	990
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.029	45.83	990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.083-2.137	0.264	15	0.262	272	X-RAY DIFFRACTION	78.2016
2.137-2.195	0.373	18	0.216	349	X-RAY DIFFRACTION	97.8667
2.195-2.259	0.337	23	0.213	334	X-RAY DIFFRACTION	97.541
2.259-2.328	0.392	17	0.206	315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.328-2.405	0.324	24	0.193	319	X-RAY DIFFRACTION	98.8473
2.405-2.489	0.21	13	0.203	301	X-RAY DIFFRACTION	99.6825
2.489-2.582	0.242	16	0.203	311	X-RAY DIFFRACTION	99.6951
2.582-2.687	0.203	17	0.236	265	X-RAY DIFFRACTION	99.2958
2.687-2.807	0.427	14	0.222	291	X-RAY DIFFRACTION	99.6732
2.807-2.943	0.433	9	0.199	252	X-RAY DIFFRACTION	99.6183
2.943-3.102	0.256	22	0.214	251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.102-3.289	0.279	12	0.212	240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.289-3.515	0.202	14	0.225	223	X-RAY DIFFRACTION	99.5798
3.515-3.795	0.22	12	0.207	212	X-RAY DIFFRACTION	97.8166
3.795-4.155	0.357	10	0.213	184	X-RAY DIFFRACTION	100
4.155-4.641	0.123	6	0.166	183	X-RAY DIFFRACTION	99.4737
4.641-5.35	0.27	12	0.228	155	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-6.533	0.477	11	0.279	135	X-RAY DIFFRACTION	100
6.533-9.156	0.388	5	0.217	103	X-RAY DIFFRACTION	99.0826
9.156-28.08	0.066	2	0.213	68	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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