PDB-7bsm: Mevo lectin complex with 2alpha-mannobiose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bsm

タイトル

Mevo lectin complex with 2alpha-mannobiose

要素

lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism I fold lectin / Archeal lectin / heptamer / ring shape structure

機能・相同性

機能・相同性情報

Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Methanococcus voltae (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Structural and related studies on Mevo lectin from Methanococcus voltae A3: the first thorough characterization of an archeal lectin and its interactions.
著者: Sivaji, N. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.

履歴

登録	2020年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bsm.cif.gz	371.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bsm.ent.gz	302.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bsm_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bsm_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7bsm_validation.xml.gz	67 KB	表示
CIF形式データ	7bsm_validation.cif.gz	88.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bsbSC 7bsnC 7bt8C 7bt9C 7bthC 7btlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bsn-1 7bsn-2 7bt8-d 7bt9-2 7bsb-1 7bt9-1 7btl-d 7bsb-2 7bth-d 7ded-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: lectin

B: lectin

C: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

G: lectin

H: lectin

I: lectin

J: lectin

K: lectin

L: lectin

M: lectin

N: lectin

ヘテロ分子

224 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: lectin

B: lectin

C: lectin

D: lectin

E: lectin

F: lectin

G: lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein elutes as heptamer
112 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: lectin

I: lectin

J: lectin

K: lectin

L: lectin

M: lectin

N: lectin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
113 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.359, 170.359, 192.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

lectin

分子量: 15783.812 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanococcus voltae (strain ATCC BAA-1334 / A3) (古細菌)
株: ATCC BAA-1334 / A3 / 遺伝子: Mvol_0737 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7DTD6

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 化合物

ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 6%(v/v) Tacsimate pH 6.0, 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 25%(w/v) polyethylene glycol 4000 PH範囲: 5.8-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9767 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→96.25 Å / Num. obs: 70202 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 10083 / CC_1/2: 0.73 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BSB

7bsb

解像度: 2.8→96.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.929 / ESU R Free: 0.35 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2604	3494	4.983 %
R_work	0.2271	-	-
all	0.229	-	-
obs	-	70117	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.908 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.908 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.817 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→96.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14630	0	224	0	14854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	15124
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.018	13862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.659	20454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.499	1.606	32184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.685	5	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.968	24.385	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.779	15	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.514	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.022	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.227	0.2	12642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	7277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6873
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.287	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.053	5.538	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.054	5.538	7820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.823	8.319	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.822	8.319	9751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.926	6.089	7303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.926	6.089	7304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.958	8.94	10704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.959	8.94	10705
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.869	64.806	15367
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.872	64.805	15367
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.088	0.05	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.099	0.05	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.093	0.05	4077
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.093	0.05	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.088	0.05	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.072	0.05	4174
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.098	0.05	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.096	0.05	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.089	0.05	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.086	0.05	4072
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.08	0.05	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.083	0.05	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.071	0.05	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.092	0.05	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.077	0.05	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.076	0.05	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.081	0.05	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.085	0.05	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.091	0.05	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.096	0.05	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.087	0.05	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.083	0.05	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.074	0.05	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.074	0.05	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.083	0.05	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.074	0.05	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.078	0.05	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.085	0.05	3875
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.08	0.05	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.098	0.05	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.093	0.05	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.083	0.05	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.08	0.05	3971
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.074	0.05	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.07	0.05	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.092	0.05	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.097	0.05	3986
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.097	0.05	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.096	0.05	4060
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.115	0.05	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.118	0.05	3843
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.089	0.05	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.101	0.05	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.093	0.05	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.095	0.05	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.078	0.05	4032
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.074	0.05	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.08	0.05	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.094	0.05	3973
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.106	0.05	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.092	0.05	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.076	0.05	4098
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.074	0.05	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.071	0.05	4031
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.086	0.05	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.081	0.05	4053
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.1	0.05	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.098	0.05	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.085	0.05	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.096	0.05	3998
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.078	0.05	4015
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.083	0.05	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.078	0.05	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.1	0.05	3859
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.11	0.05	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_67	0.087	0.05	3938
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_68	0.087	0.05	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_69	0.077	0.05	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_70	0.079	0.05	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_71	0.101	0.05	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_72	0.098	0.05	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_73	0.083	0.05	4069
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_74	0.084	0.05	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_75	0.078	0.05	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_76	0.08	0.05	4045
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_77	0.108	0.05	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_78	0.107	0.05	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_79	0.084	0.05	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_80	0.087	0.05	3947
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_81	0.091	0.05	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_82	0.103	0.05	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_83	0.106	0.05	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_84	0.097	0.05	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_85	0.1	0.05	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_86	0.093	0.05	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_87	0.078	0.05	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_88	0.087	0.05	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_89	0.079	0.05	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_90	0.075	0.05	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_91	0.067	0.05	4058

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.369	242	0.372	4850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-2.951	0.379	218	0.352	4766	X-RAY DIFFRACTION	99.9799
2.951-3.037	0.351	271	0.33	4573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.037-3.13	0.363	212	0.292	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.233	0.322	244	0.275	4334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.233-3.346	0.312	193	0.251	4249	X-RAY DIFFRACTION	99.9775
3.346-3.473	0.284	229	0.23	4028	X-RAY DIFFRACTION	99.9765
3.473-3.614	0.281	212	0.231	3906	X-RAY DIFFRACTION	99.9515
3.614-3.775	0.246	227	0.223	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.775-3.959	0.233	200	0.224	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.959-4.173	0.241	173	0.197	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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