PDB-7bsh: Crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanoclust...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bsh

タイトル

Crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanocluster (Abasic mutant)

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*(3DR)P*AP*GP*CP*GP*A)-3')

キーワード

DNA / Nanocluster / Silver

機能・相同性

SILVER ION / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Kondo, J. / Cerretani, C. / Vosch, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: CrystEngComm / 年: 2020
タイトル: Mutation of position 5 as a crystal engineering tool for a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanocluster.
著者: Cerretani, C. / Kondo, J. / Vosch, T.

履歴

登録	2020年3月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bsh.cif.gz	41.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bsh.ent.gz	28.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bseC 7bsfC 7bsgC 6jr4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jr4-1 6jr4-2 6rs3-d 4rtx-3 4glm-3 1b18-d 1p7i-3 2kpr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*(3DR)P*AP*GP*CP*GP*A)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*(3DR)P*AP*GP*CP*GP*A)-3')

ヘテロ分子

7.72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.223, 35.960, 43.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPCPCP(3DR)PAPGPCPGPA)-3') 分子量: 2889.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MOPS, Spermine, calcium nitrate, MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→27.71 Å / Num. obs: 26773 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.772 % / B_iso Wilson estimate: 12.492 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.178 / Net I/σ(I): 18.84 / Num. measured all: 181315 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.2-1.23	6.476	0.292	6.19	12745	1984	1968	0.972	0.318	99.2
1.23-1.26	6.562	0.245	7.28	12672	1931	1931	0.983	0.266	100
1.26-1.3	6.537	0.205	8.54	12093	1850	1850	0.987	0.222	100
1.3-1.34	6.493	0.18	9.56	12194	1878	1878	0.992	0.196	100
1.34-1.38	6.023	0.167	9.98	10565	1756	1754	0.989	0.183	99.9
1.38-1.43	6.332	0.15	10.91	10809	1708	1707	0.991	0.164	99.9
1.43-1.49	7.131	0.121	12.76	11923	1672	1672	0.997	0.131	100
1.49-1.55	7.228	0.104	14.61	11283	1561	1561	0.998	0.112	100
1.55-1.62	7.246	0.103	15.71	11181	1543	1543	0.998	0.111	100
1.62-1.7	7.2	0.097	17.59	10353	1439	1438	0.998	0.105	99.9
1.7-1.79	7.139	0.083	21.08	9873	1383	1383	0.998	0.089	100
1.79-1.9	7.068	0.065	25.61	9344	1322	1322	0.998	0.07	100
1.9-2.03	6.881	0.054	28.78	8470	1231	1231	0.998	0.059	100
2.03-2.19	6.622	0.043	33.03	7509	1134	1134	0.999	0.047	100
2.19-2.4	5.956	0.039	35.76	6290	1057	1056	0.999	0.043	99.9
2.4-2.68	6.787	0.037	39.65	6448	951	950	0.999	0.04	99.9
2.68-3.1	7.388	0.038	41.66	6221	842	842	0.999	0.041	100
3.1-3.79	7.412	0.038	42.64	5277	713	712	0.999	0.041	99.9
3.79-5.36	7.325	0.037	43.75	3970	542	542	0.999	0.04	100
5.36-27.71	7.007	0.034	47.66	2095	303	299	0.999	0.038	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JR4

6jr4

解像度: 1.2→27.71 Å / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 6.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.0884	2682	10.03 %
R_work	0.0772	-	-
obs	0.0783	26741	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 37.36 Å² / B_iso mean: 16.8346 Å² / B_iso min: 9.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→27.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	382	18	33	433
B_iso mean	-	-	10.37	23.31	-
残基数	-	-	-	-	20

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.22	0.1084	133	0.1195	1214	1347	98
1.22-1.24	0.1024	142	0.107	1284	1426	100
1.24-1.27	0.0802	142	0.0911	1281	1423	100
1.27-1.3	0.0916	140	0.0841	1258	1398	100
1.3-1.33	0.0826	141	0.0774	1262	1403	100
1.33-1.36	0.0724	144	0.0711	1275	1419	100
1.36-1.4	0.0769	141	0.0748	1277	1418	100
1.4-1.44	0.1	144	0.0693	1270	1414	100
1.44-1.48	0.0904	137	0.0692	1286	1423	100
1.48-1.54	0.0738	143	0.0603	1245	1388	100
1.54-1.6	0.0851	137	0.0671	1243	1380	99
1.6-1.67	0.1024	150	0.0671	1292	1442	100
1.67-1.76	0.0797	139	0.0694	1278	1417	100
1.76-1.87	0.0779	142	0.0627	1247	1389	100
1.87-2.01	0.0687	143	0.0652	1272	1415	100
2.02-2.22	0.0561	140	0.059	1269	1409	100
2.22-2.54	0.073	141	0.059	1287	1428	100
2.54-3.2	0.1019	139	0.0864	1255	1394	100
3.2-27.71	0.1325	144	0.1157	1264	1408	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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