[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7bsg: Crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanoclust... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bsg | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanocluster (T5G mutant) | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Nanocluster / Silver | Function / homology | SILVER ION / DNA | ![]() Biological species | synthetic construct (others) | Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Kondo, J. / Cerretani, C. / Vosch, T. | Funding support | | ![]()
![]() ![]() Title: Mutation of position 5 as a crystal engineering tool for a NIR-emitting DNA-stabilized Ag16 nanocluster. Authors: Cerretani, C. / Kondo, J. / Vosch, T. History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 23.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 13.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 3.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bseC ![]() 7bsfC ![]() 7bshC ![]() 6jr4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: DNA chain | Mass: 3039.008 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: SF file contains Friedel pairs. / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-AG / Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.59 Å3/Da / Density % sol: 22.57 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: MOPS, Spermine, calcium nitrate, PEG |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.19→22.35 Å / Num. obs: 3775 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.147 % / Biso Wilson estimate: 29.535 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 5.47 / Num. measured all: 11879 / Scaling rejects: 75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6JR4 Resolution: 2.19→22.35 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.02
| ||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.08 Å2 / Biso mean: 41.7302 Å2 / Biso min: 30.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.19→22.35 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
|