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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bsa | ||||||
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タイトル | Bovine Pancreatic Trypsin with 5-Chlorotryptamine (Cryo) | ||||||
要素 | Cationic trypsin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / microfluidic device / crystal sorting / room temperature | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Maeki, M. / Ito, S. / Takeda, R. / Funakubo, T. / Ueno, G. / Ishida, A. / Tani, H. / Yamamoto, M. / Tokeshi, M. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Room-temperature crystallography using a microfluidic protein crystal array device and its application to protein-ligand complex structure analysis. 著者: Maeki, M. / Ito, S. / Takeda, R. / Ueno, G. / Ishida, A. / Tani, H. / Yamamoto, M. / Tokeshi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bsa.cif.gz | 70.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bsa.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bsa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bsa_validation.pdf.gz | 997.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bsa_full_validation.pdf.gz | 999.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bsa_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bsa_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bsa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7brvC 7brwC 7brxC 7bryC 7brzC 7bs0C 7bs1C 7bs2C 7bs3C 7bs4C 7bs5C 7bs6C 7bs7C 7bs8C 7bs9C 1s0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-6SO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.12→44 Å / Num. obs: 146660 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 7.225 % / Biso Wilson estimate: 12.765 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 15.33 / Num. measured all: 1059617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1s0q 解像度: 1.22→44 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 42.04 Å2 / Biso mean: 12.5787 Å2 / Biso min: 4.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.22→44 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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