PDB-7bs3: Bovine Pancreatic Trypsin with 4-Bromo-benzamidine (Cryo)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bs3

タイトル

Bovine Pancreatic Trypsin with 4-Bromo-benzamidine (Cryo)

要素

Cationic trypsin

キーワード

HYDROLASE / microfluidic device / crystal sorting / room temperature

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Maeki, M. / Ito, S. / Takeda, R. / Funakubo, T. / Ueno, G. / Ishida, A. / Tani, H. / Yamamoto, M. / Tokeshi, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Room-temperature crystallography using a microfluidic protein crystal array device and its application to protein-ligand complex structure analysis.
著者: Maeki, M. / Ito, S. / Takeda, R. / Ueno, G. / Ishida, A. / Tani, H. / Yamamoto, M. / Tokeshi, M.

履歴

登録	2020年3月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bs3.cif.gz	67.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bs3.ent.gz	47.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bs3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bs3_validation.pdf.gz	701 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bs3_full_validation.pdf.gz	702.4 KB	表示
XML形式データ	7bs3_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	7bs3_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bs3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/7bs3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7brvC 7brwC 7brxC 7bryC 7brzC 7bs0C 7bs1C 7bs2C 7bs4C 7bs5C 7bs6C 7bs7C 7bs8C 7bs9C 7bsaC 1s0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zfs-d 3a7x-d 6yit-d 6b6t-d 1utq-d 1o39-d 1gi5-d 7bs5-d 1o2p-d 3rxs-d 1tpo-d 3t26-d 1s5s-d 2by6-d 1c5t-d 7bry-d 3rxp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cationic trypsin

ヘテロ分子

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.242, 56.897, 66.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-F5R / 4-bromanylbenzenecarboximidamide / 4-Bromobenzamidine / 4-ブロモベンズアミジン分子量: 199.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇BrN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.28→43.28 Å / Num. obs: 102003 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.635 % / B_iso Wilson estimate: 16.683 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.121 / Net I/σ(I): 12.06 / Num. measured all: 778830

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.28-1.36	7.42	1.431	1.37	121971	16516	16439	0.52	1.539	99.5
1.36-1.45	7.53	0.93	2.15	116757	15508	15506	0.739	0.999	100
1.45-1.57	7.589	0.568	3.59	109763	14463	14463	0.884	0.609	100
1.57-1.72	7.65	0.344	5.96	101762	13303	13302	0.953	0.369	100
1.72-1.92	7.7	0.188	10.69	92172	11970	11970	0.987	0.201	100
1.92-2.22	7.753	0.101	19.25	82197	10602	10602	0.996	0.108	100
2.22-2.72	7.787	0.07	27	70056	8997	8997	0.998	0.075	100
2.72-3.83	7.847	0.043	39.96	54215	6909	6909	0.999	0.046	100
3.83-43.28	7.847	0.034	50.38	29937	3818	3815	0.999	0.037	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.38 Å	43.28 Å
Translation	5.38 Å	43.28 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.17	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1s0q

1s0q

解像度: 1.28→43.28 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	4870	4.77 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1757	101998	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.87 Å² / B_iso mean: 14.8882 Å² / B_iso min: 4.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.28→43.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1629	0	138	242	2009
B_iso mean	-	-	25.76	25.39	-
残基数	-	-	-	-	223

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.28-1.3	0.3549	158	0.3091	3134	3292	98
1.3-1.31	0.3159	181	0.2899	3211	3392	100
1.31-1.33	0.3345	153	0.2767	3310	3463	100
1.33-1.35	0.3167	142	0.2736	3238	3380	100
1.35-1.36	0.2579	166	0.2617	3205	3371	100
1.36-1.38	0.2576	169	0.249	3242	3411	100
1.38-1.4	0.215	127	0.2392	3270	3397	100
1.4-1.42	0.2527	183	0.2411	3267	3450	100
1.42-1.44	0.2325	166	0.218	3171	3337	100
1.44-1.47	0.259	207	0.2144	3213	3420	100
1.47-1.49	0.2634	194	0.2068	3214	3408	100
1.49-1.52	0.2235	153	0.207	3226	3379	100
1.52-1.55	0.2148	171	0.1901	3284	3455	100
1.55-1.58	0.2118	123	0.1853	3286	3409	100
1.58-1.62	0.2017	145	0.1821	3242	3387	100
1.62-1.65	0.196	166	0.173	3253	3419	100
1.65-1.69	0.185	200	0.17	3195	3395	100
1.69-1.74	0.1679	158	0.1641	3233	3391	100
1.74-1.79	0.188	153	0.1562	3249	3402	100
1.79-1.85	0.1683	145	0.1576	3239	3384	100
1.85-1.92	0.1623	162	0.1544	3272	3434	100
1.92-1.99	0.1688	171	0.1485	3224	3395	100
1.99-2.08	0.1688	161	0.1472	3264	3425	100
2.08-2.19	0.173	145	0.1547	3252	3397	100
2.19-2.33	0.1731	153	0.1529	3227	3380	100
2.33-2.51	0.146	159	0.1603	3247	3406	100
2.51-2.76	0.1862	175	0.1665	3239	3414	100
2.76-3.16	0.1547	196	0.1653	3219	3415	100
3.16-3.98	0.1491	147	0.1486	3247	3394	100
3.99-43.28	0.2094	141	0.1656	3255	3396	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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