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万見
- PDB-7br2: BT4096 a gut microbial diltiazem-metabolizing enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7br2
タイトルBT4096 a gut microbial diltiazem-metabolizing enzyme
要素Lipolytic enzyme, G-D-S-L family
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / gut microbe / diltiazem (ジルチアゼム) / drug metabolism (薬物代謝) / SGNH / GDSL / serine esterase
機能・相同性SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Lipolytic enzyme, G-D-S-L family
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structure of a gut microbial diltiazem-metabolizing enzyme suggests possible substrate binding mode.
著者: Zhou, S. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Liu, W. / Zheng, Y. / Wu, S. / Wang, Q. / Xie, Z. / Liu, Z. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family
B: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family
C: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family
D: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,8594
ポリマ－206,8594
非ポリマー00
水18,5911032
1
A: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7151
ポリマ－51,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7151
ポリマ－51,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7151
ポリマ－51,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lipolytic enzyme, G-D-S-L family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7151
ポリマ－51,7151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.693, 133.797, 182.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: -1 - 440 / Label seq-ID: 9 - 450

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid -1 through 440)AA
22(chain 'B' and resid -1 through 440)BB
33chain 'C'CC
44(chain 'D' and resid -1 through 440)DD

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要素

#1: タンパク質
Lipolytic enzyme, G-D-S-L family


分子量: 51714.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_4096 / プラスミド: pET32a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A0C5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein: 10 mg/mL in 20 mM Tris, 500 mM NaCl, 10 mM DTT, pH 8.5 reservoir: 20% PEG 6000, 0.25 M Na-citrate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→25 Å / Num. obs: 91059 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 33.59 Å2 / CC1/2: 0.936 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 25.06
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 8956 / CC1/2: 0.856 / Rpim(I) all: 0.257 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000data processing
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→24.94 Å / SU ML: 0.2566 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6236
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 1999 2.2 %
Rwork0.1821 --
obs0.183 90969 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14429 0 0 1032 15461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007314733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.971119815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00612585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.59068907
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 138 -
Rwork0.2342 6106 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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