[日本語] English
万見
- PDB-7bql: The crystal structure of PdxI complex with the Alder-ene adduct -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bql
タイトルThe crystal structure of PdxI complex with the Alder-ene adduct
要素Methyltransf_2 domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pericyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F5F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / O-methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus bombycis (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Cai, Y.J. / Ohashi, M. / Zhou, J.H. / Tang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)91856202 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0901900 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: An enzymatic Alder-ene reaction.
著者: Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Cai, Y. / Tan, D. / Kanayama, D. / Tang, M.C. / Anthony, S.M. / Chari, J.V. / Barber, J.S. / Picazo, E. / Kakule, T.B. / Cao, S. / Garg, N.K. / Zhou, J. / Houk, K.N. / Tang, Y.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyltransf_2 domain-containing protein
B: Methyltransf_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9206
ポリマ－103,2132
非ポリマー7074
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11300 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area33070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.075, 86.075, 291.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 60 or resid 62 through 171 or resid 173 through 459))
21(chain B and (resid 2 through 60 or resid 62...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLEULEU(chain A and (resid 2 through 60 or resid 62 through 171 or resid 173 through 459))AA2 - 602 - 60
12ASNASNSERSER(chain A and (resid 2 through 60 or resid 62 through 171 or resid 173 through 459))AA62 - 17162 - 171
13LYSLYSGLUGLU(chain A and (resid 2 through 60 or resid 62 through 171 or resid 173 through 459))AA173 - 459173 - 459
21VALVALLEULEU(chain B and (resid 2 through 60 or resid 62...BB2 - 602 - 60
22ASNASNSERSER(chain B and (resid 2 through 60 or resid 62...BB62 - 17162 - 171
23LYSLYSASPASP(chain B and (resid 2 through 60 or resid 62...BB173 - 377173 - 377
24GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 2 through 60 or resid 62...BB389 - 459389 - 459

-
要素

#1: タンパク質 Methyltransf_2 domain-containing protein / PdxI


分子量: 51606.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus bombycis (カビ) / 遺伝子: ABOM_002889 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1F8A906
#2: 化合物 ChemComp-F5F / 3-[(1R,2S,4R,6S)-2-ethenyl-4,6-dimethyl-cyclohexyl]-4-oxidanyl-1H-pyridin-2-one / トリピリドンB


分子量: 247.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG 20000, 20% PEG MME 550, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.02M of each alcohol (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-butanol, 0.2M (RS)-1,2-propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→50 Å / Num. obs: 43666 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 4.419 % / Biso Wilson estimate: 34.91 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1189 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9.58
反射 シェル解像度: 2.396→2.482 Å / 冗長度: 4.582 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique obs: 6794 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.3317 / Rrim(I) all: 0.68 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BQJ

7bqj


解像度: 2.396→48.219 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 2182 5 %
Rwork0.199 41460 -
obs0.2006 43642 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.07 Å2 / Biso mean: 35.9831 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.396→48.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7145 0 50 237 7432
Biso mean--40.47 34.97 -
残基数----905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69610038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481090
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1782716
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4257X-RAY DIFFRACTION5.56TORSIONAL
12B4257X-RAY DIFFRACTION5.56TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.396-2.48120.30090.2483X-RAY DIFFRACTION99
2.4812-2.58060.29590.2346X-RAY DIFFRACTION99
2.5806-2.6980.32210.2324X-RAY DIFFRACTION99
2.698-2.84020.25720.241X-RAY DIFFRACTION99
2.8402-3.01820.2730.2263X-RAY DIFFRACTION99
3.0182-3.25110.27740.2209X-RAY DIFFRACTION99
3.2511-3.57820.23790.2056X-RAY DIFFRACTION99
3.5782-4.09580.20720.1777X-RAY DIFFRACTION100
4.0958-5.15930.16960.1591X-RAY DIFFRACTION99
5.1593-48.2190.19550.1857X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る