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- PDB-7bqi: Crystal structure of FYCO1 RUN domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bqi
タイトルCrystal structure of FYCO1 RUN domain
要素FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed vesicle transport along microtubule / positive regulation of autophagosome maturation / autophagosome / late endosome / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / RUN domain / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. ...: / : / RUN domain / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile. / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Sakurai, S. / Shimizu, T. / Ohto, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the FYCO1 RUN domain suggests possible interfaces with small GTPases.
著者: Sakurai, S. / Shimizu, T. / Ohto, U.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8721
ポリマ－20,8721
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.119, 48.119, 142.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-217-

HOH

21A-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FYVE and coiled-coil domain-containing protein 1 / Zinc finger FYVE domain-containing protein 7


分子量: 20871.553 Da / 分子数: 1 / 断片: RUN domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FYCO1, ZFYVE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQS8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 180mM tri-ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 38506 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 41.6
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 1885

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: SAD model

解像度: 1.3→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 0.948 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 1932 5 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2129 36472 90.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.33 Å2 / Biso mean: 18.731 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1416 0 0 129 1545
Biso mean---27.05 -
残基数----174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0191511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4341.9552050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04533250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.975187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17524.54577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74915272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.416159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02366
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.333 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 144 -
Rwork0.276 2662 -
all-2806 -
obs--91.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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