PDB-7bqa: Crystal structure of ASFV p35

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bqa

タイトル

Crystal structure of ASFV p35

要素

60 kDa polyprotein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ASFV / core-shell / p35

機能・相同性

viral capsid assembly / virion component / host cell perinuclear region of cytoplasm / 60 kDa polyprotein / Polyprotein pp62

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å

データ登録者

Li, G.B. / Fu, D. / Chen, C. / Guo, Y.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31670731	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31870733	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	31941011	中国

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the African swine fever virus structural protein p35 reveals its role for core shell assembly.
著者: Li, G. / Fu, D. / Zhang, G. / Zhao, D. / Li, M. / Geng, X. / Sun, D. / Wang, Y. / Chen, C. / Jiao, P. / Cao, L. / Guo, Y. / Rao, Z.

履歴

登録	2020年3月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bqa.cif.gz	236.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bqa.ent.gz	189.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bqa_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bqa_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	7bqa_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	7bqa_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/7bqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wz1-5 2bv9-d 3hfb-d 6muj-4 3m64-d 4ee7-1 3pb0-2 3dx5-d 4i5w-1 1hvb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: 60 kDa polyprotein

A: 60 kDa polyprotein

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 60 kDa polyprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 60 kDa polyprotein

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.068, 89.563, 65.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	60 kDa polyprotein / CP530R / PCP530R 分子量: 39042.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: CP530R, AFSV47Ss_0139 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A0A1E146, UniProt: Q65179*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.0, 30% W/V Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.07146 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07146 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.34
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37964 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 1940 / CC_1/2: 0.862

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.102→48.723 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 30.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	1827	4.93 %
R_work	0.2004	-	-
obs	0.2033	37034	95.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.16 Å² / B_iso mean: 26.9837 Å² / B_iso min: 8.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.102→48.723 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4405	0	0	258	4663
B_iso mean	-	-	-	36.67	-
残基数	-	-	-	-	536

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1035-2.1603	0.2795	114	0.2475	2555	2669	85
2.1603-2.2239	0.2875	149	0.2381	2632	2781	89
2.2239-2.2956	0.2788	136	0.2281	2715	2851	92
2.2956-2.3776	0.2346	134	0.2278	2742	2876	93
2.3776-2.4728	0.2924	135	0.2289	2806	2941	94
2.4728-2.5852	0.2247	138	0.229	2795	2933	94
2.5852-2.7214	0.2083	156	0.2094	2786	2942	93
2.7214-2.8917	0.2495	146	0.2156	2758	2904	93
2.8917-3.1147	0.2447	145	0.2073	2765	2910	93
3.1147-3.4276	0.2248	127	0.1966	2746	2873	92
3.4276-3.9223	0.2018	115	0.1769	2677	2792	89
3.9223-4.9368	0.2012	120	0.155	2497	2617	83
4.9368-27.1377	0.2011	157	0.1962	2751	2908	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3509	0.0217	1.374	0.1919	-0.1854	1.0232	-0.0185	-0.3106	0.3528	0.0376	-0.0569	0.0221	-0.3112	-0.0887	0.0556	0.1173	-0.0014	0.0015	0.2017	-0.1069	0.2665	-16.7539	39.4593	-24.8908
2	5.4967	4.3281	-2.5049	3.7359	-2.1005	1.2302	0.0874	-0.1548	-0.31	0.1261	-0.1707	-0.1731	-0.0239	0.0272	0.0747	0.1857	0.0298	0.0296	0.2184	-0.061	0.118	-19.3688	28.7138	-18.938
3	0.619	-0.007	-0.4053	0.9357	-0.2409	0.7346	-0.0909	-0.148	0.0959	0.0644	-0.0502	0.1188	-0.0395	-0.1799	-0.2422	0.0676	0.07	0.0423	0.3087	-0.0844	0.1452	-26.0937	25.2648	-28.2213
4	0.7381	0.8732	0.1747	1.4604	0.4006	0.469	0.1787	0.0083	-0.0795	-0.0223	-0.0806	-0.1617	-0.0646	0.2505	-0.1044	0.1391	-0.0363	0.0229	0.3688	-0.1153	0.1788	-29.3754	32.1226	-17.8458
5	0.361	0.0367	0.0253	0.4819	0.3364	0.9633	-0.1433	-0.1182	-0.1559	0.2167	-0.0226	-0.1393	0.1873	-0.2161	-0.0455	0.1501	0.0316	0.0011	0.2267	0.0203	0.1396	-19.8636	9.8073	-33.1756
6	0.3173	0.2029	0.0877	1.7161	-1.1781	1.2758	0.1407	-0.3087	-0.0991	-0.1792	-0.1915	0.0458	0.2115	0.0984	-0.0087	0.1357	-0.0001	0.016	0.2306	-0.041	0.1903	-29.1729	10.3598	-35.6202
7	0.7628	0.1149	-0.0537	0.4098	0.2314	0.7999	-0.1325	0.1999	0.0693	-0.0769	0.1108	-0.0589	-0.1653	0.0826	-0.0528	0.0267	0.0334	0.0288	0.2004	-0.0534	0.158	-14.2416	25.2414	-38.6549
8	1.2524	0.0565	0.0683	0.7465	-0.2216	0.8007	0.0395	-0.095	-0.1905	0.1012	-0.0582	-0.0461	-0.004	0.1601	0.0165	0.0549	0.0294	0.0056	0.1325	0.0087	0.1036	-44.0895	18.5382	7.9866
9	5.3715	0.6535	0.6262	1.4132	-0.0395	1.9267	-0.0337	-0.3775	0.2536	-0.0491	0.1724	-0.0364	0.0806	0.1857	0.1089	0.0661	-0.0025	-0.1503	0.235	-0.0575	0.1224	-38.8828	16.5005	16.7859
10	0.311	-0.0282	-0.2513	0.6987	-0.2053	0.8204	-0.0503	-0.1004	0.0056	0.173	-0.0223	0.0769	-0.399	0.2678	-0.3405	0.3128	-0.0603	-0.0445	0.2357	-0.0924	0.089	-43.9854	36.2608	13.7153
11	0.8938	-0.159	0.5187	0.7383	-0.1475	1.0636	0.0798	0.0397	0.0827	0.1096	-0.0882	-0.0027	-0.259	0.1531	0.0349	0.1374	-0.0427	0.0405	0.0846	-0.0113	0.1366	-44.3699	39.6809	-7.7491
12	0.1103	0.1396	0.0646	0.4243	0.0636	0.4855	0.1174	0.1079	-0.0416	-0.0113	0.0106	0.0282	-0.1524	-0.0978	0.2103	0.0794	0.0189	0.0243	0.0599	0.0195	0.1262	-52.4691	24.1236	-2.3556
13	0.8147	0.0346	-0.5688	0.4402	0.1777	2.9535	0.0521	0.0052	-0.0079	-0.0725	0.045	-0.0479	0.089	-0.3019	0.4913	0.1885	0.0418	0.0079	0.1423	-0.1352	0.1539	-56.8015	11.8645	-1.6304
14	0.8896	-0.704	-0.0466	1.5166	-0.0857	0.9487	-0.0054	0.0194	-0.0422	-0.1732	-0.0992	0.0674	0.1349	0.102	-0.2578	0.157	0.018	0.0658	0.1214	-0.0485	0.1363	-45.1562	22.8196	-13.644
15	1.2884	0.1203	0.4035	1.0738	0.0972	2.0627	0.0206	-0.0181	-0.0221	0.3052	0.118	0.2548	0.0737	-0.2175	0.2068	0.1133	0.0311	0.0109	0.0522	0.0132	0.1327	-53.8666	32.3357	-7.0076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 11 through 32 )	B	11 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 33 through 54 )	B	33 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 55 through 91 )	B	55 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 92 through 109 )	B	92 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 110 through 185 )	B	110 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 186 through 206 )	B	186 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 207 through 298 )	B	207 - 298
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 11 through 95 )	A	11 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 96 through 109 )	A	96 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 110 through 145 )	A	110 - 145
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 146 through 206 )	A	146 - 206
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 207 through 227 )	A	207 - 227
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 228 through 245 )	A	228 - 245
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 246 through 274 )	A	246 - 274
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 275 through 298 )	A	275 - 298

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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