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- PDB-7bor: Structure of Pseudomonas aeruginosa CoA-bound OdaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bor
タイトルStructure of Pseudomonas aeruginosa CoA-bound OdaA
要素Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE / Pseudomonas aeruginosa / crotonase
機能・相同性
機能・相同性情報


delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Zhao, N. / Zhao, C. / Liu, L. / Li, T. / Li, C. / He, L. / Zhu, Y. / Song, Y. / Bao, R.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: Structural and molecular dynamic studies of Pseudomonas aeruginosa OdaA reveal the regulation role of a C-terminal hinge element.
著者: Zhao, N.L. / Zhang, Q.Q. / Zhao, C. / Liu, L. / Li, T. / Li, C.C. / He, L.H. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Liu, H.X. / Bao, R.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年8月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software
Item: _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id ..._pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9104
ポリマ－56,3752
非ポリマー1,5352
水3,261181
1
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9552
ポリマ－28,1881
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
2
C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9552
ポリマ－28,1881
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.546, 81.546, 59.174
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-438-

HOH

21A-482-

HOH

31C-401-

HOH

41C-421-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 28187.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA4330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HW71
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 20% Tacsimate, 2% PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.32 Å / Num. obs: 34519 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 32.94 Å2 / CC1/2: 0.958 / CC star: 0.989 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 17.96
反射 シェル解像度: 1.901→1.969 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.915 / CC star: 0.987 / Rrim(I) all: 0.677 / Rsym value: 0.587

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nek

4nek


解像度: 1.901→26.69 Å / SU ML: 0.2775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.0387 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 2000 5.8 %
Rwork0.1893 32498 -
obs0.1914 34498 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→26.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 96 181 4055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01473940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42895342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0636614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.63591492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.901-1.950.35951440.30882299X-RAY DIFFRACTION99.43
1.95-20.31761400.28652318X-RAY DIFFRACTION99.51
2-2.060.30211450.26092317X-RAY DIFFRACTION99.56
2.06-2.130.29361380.2332334X-RAY DIFFRACTION99.76
2.13-2.20.29391480.23532325X-RAY DIFFRACTION99.76
2.2-2.290.30711470.22782327X-RAY DIFFRACTION99.76
2.29-2.40.25941420.21842348X-RAY DIFFRACTION99.68
2.4-2.520.27231440.21982302X-RAY DIFFRACTION99.71
2.52-2.680.24461380.20932312X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.890.27361430.20482350X-RAY DIFFRACTION99.84
2.89-3.180.25481390.20632301X-RAY DIFFRACTION99.92
3.18-3.640.20111390.17992339X-RAY DIFFRACTION99.84
3.64-4.580.17641520.14212340X-RAY DIFFRACTION99.8
4.58-100.16941410.15372286X-RAY DIFFRACTION98.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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