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- PDB-7crd: Structure of Pseudomonas aeruginosa OdaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7crd
タイトルStructure of Pseudomonas aeruginosa OdaA
要素Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE / Pseudomonas aeruginosa / crotonase
機能・相同性: / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Zhao, N. / Zhao, C. / Liu, L. / Li, T. / Li, C. / He, L. / Zhu, Y. / Song, Y. / Bao, R.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / : 2020
タイトル: Structural and molecular dynamic studies of Pseudomonas aeruginosa OdaA reveal the regulation role of a C-terminal hinge element.
著者: Zhao, N.L. / Zhang, Q.Q. / Zhao, C. / Liu, L. / Li, T. / Li, C.C. / He, L.H. / Zhu, Y.B. / Song, Y.J. / Liu, H.X. / Bao, R.
履歴
登録2020年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年9月16日ID: 7BOQ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3752
ポリマ-56,3752
非ポリマー00
2,432135
1
D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1881
ポリマ-28,1881
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1881
ポリマ-28,1881
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.391, 81.391, 60.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 28187.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA4330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HW71
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG6000, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28 Å / Num. obs: 35138 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 22.62 Å2 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 23.61
反射 シェル解像度: 1.901→1.969 Å / Num. unique obs: 3505 / Rrim(I) all: 0.54 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 98.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nek
解像度: 1.901→26.64 Å / SU ML: 0.1356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 18.559 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 2023 -
Rwork0.1714 33078 -
obs-35100 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→26.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 0 135 3913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26235192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3091604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.61351440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.901-1.950.22081420.18452386X-RAY DIFFRACTION97.98
1.95-20.2031500.18392294X-RAY DIFFRACTION99.76
2-2.060.22561290.18742401X-RAY DIFFRACTION99.88
2.06-2.130.22761390.18162366X-RAY DIFFRACTION99.48
2.13-2.20.21081500.18032389X-RAY DIFFRACTION99.53
2.2-2.290.20551400.18192370X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.390.18141470.1812370X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.19971440.17992366X-RAY DIFFRACTION99.68
2.52-2.680.20631500.1842339X-RAY DIFFRACTION99.92
2.68-2.890.18371460.17732385X-RAY DIFFRACTION99.61
2.89-3.180.18411420.17962367X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.630.16661500.162368X-RAY DIFFRACTION99.8
3.63-4.580.14481450.142351X-RAY DIFFRACTION99.28
4.58-90.16691490.16142326X-RAY DIFFRACTION98.33
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.9295079491 Å / Origin y: 46.0903891283 Å / Origin z: -94.3761312686 Å
111213212223313233
T0.163578568585 Å20.0091126528138 Å2-0.0373634674816 Å2-0.167428891899 Å2-0.00117513275549 Å2--0.177745917679 Å2
L0.588697715957 °20.199791512822 °2-0.481151164424 °2-0.0537666160062 °2-0.189325282995 °2--0.486280816042 °2
S-0.0146098838428 Å °0.0440316253528 Å °0.0670767613424 Å °-0.00268373324865 Å °0.0471367622576 Å °0.0397219416422 Å °-0.0432155385101 Å °-0.0550510284109 Å °-0.0415213287282 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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