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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bo4 | ||||||
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タイトル | Human Butyrylcholinesterase in complex with 3-(2-(butyl(2-cycloheptylethyl)amino)ethyl)-1H-indol-6-ol | ||||||
![]() | Cholinesterase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brazzolotto, X. / Meden, A. / Knez, D. / Nachon, F. / Gobec, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: From tryptophan-based amides to tertiary amines: Optimization of a butyrylcholinesterase inhibitor series. 著者: Meden, A. / Knez, D. / Brazzolotto, X. / Nachon, F. / Dias, J. / Svete, J. / Stojan, J. / Groselj, U. / Gobec, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P06276, ![]() |
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-糖 , 4種, 7分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/SIA.gif)
![](data/chem/img/SIA.gif)
#2: 多糖 | ![]() #3: 多糖 | ![]() #4: 糖 | ChemComp-NAG / | ![]() #8: 糖 | ChemComp-SIA / | ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 102分子 ![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/MOH.gif)
![](data/chem/img/A87.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MOH.gif)
![](data/chem/img/A87.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MES / ![]() | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-MOH / ![]() | ||
#7: 化合物 | ChemComp-A87 / | ||
#9: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #10: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.41 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.401→49.4 Å / Num. obs: 30671 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 26.9 % / Biso Wilson estimate: 57.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1548 / Rpim(I) all: 0.03031 / Rrim(I) all: 0.1578 / Net I/σ(I): 16.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.401→2.487 Å / Rmerge(I) obs: 2.179 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 2922 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.4271 / Rrim(I) all: 2.222 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1p0i 解像度: 2.401→49.4 Å / SU ML: 0.305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9866 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.401→49.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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