+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bo3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human Butyrylcholinesterase in complex with N-(2-(1H-Indol-3-yl)ethyl)-2-cycloheptyl-N-methylethan-1-amine | ||||||
要素 | Cholinesteraseコリンエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Butyrylcholinesterase / Complex / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...コリンエステラーゼ / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / choline binding / response to folic acid / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / 学習 / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / 小胞体 / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Brazzolotto, X. / Meden, A. / Knez, D. / Nachon, F. / Gobec, S. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: From tryptophan-based amides to tertiary amines: Optimization of a butyrylcholinesterase inhibitor series. 著者: Meden, A. / Knez, D. / Brazzolotto, X. / Nachon, F. / Dias, J. / Svete, J. / Stojan, J. / Groselj, U. / Gobec, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bo3.cif.gz | 277.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7bo3.ent.gz | 186.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bo3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/7bo3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06276, コリンエステラーゼ |
---|
-糖 , 4種, 7分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | #9: 糖 | ChemComp-SIA / | |
---|
-非ポリマー , 5種, 126分子
#5: 化合物 | ChemComp-MES / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-IA4 / ~{ | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.42 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97888 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97888 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→41.5 Å / Num. obs: 39314 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 48.91 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1206 / Rpim(I) all: 0.02393 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 23.81 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 22.9 % / Rmerge(I) obs: 2.151 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3865 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.4574 / Rrim(I) all: 2.2 / % possible all: 99.79 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1p0i 解像度: 2.2→41.5 Å / SU ML: 0.2812 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.6436 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|