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- PDB-7bn7: Crystal structure of ene-reductase OYE2 from S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bn7
タイトルCrystal structure of ene-reductase OYE2 from S. cerevisiae
要素OYE2 isoform 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH dehydrogenase
機能・相同性FLAVIN MONONUCLEOTIDE / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Robescu, M.S. / Bergantino, E. / Hall, M. / Cendron, L.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Asymmetric Proton Transfer Catalysis by Stereocomplementary Old Yellow Enzymes for C=C Bond Isomerization Reaction
著者: Robescu, M.S. / Cendron, L. / Bacchin, A. / Wagner, K. / Reiter, T. / Janicki, I. / Merusic, K. / Illek, M. / Aleotti, M. / Bergantino, E. / Hall, M.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OYE2 isoform 1
B: OYE2 isoform 1
C: OYE2 isoform 1
D: OYE2 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,55213
ポリマ－180,2664
非ポリマー2,2869
水5,873326
1
A: OYE2 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6153
ポリマ－45,0671
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OYE2 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7074
ポリマ－45,0671
非ポリマー6413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: OYE2 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6153
ポリマ－45,0671
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: OYE2 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6153
ポリマ－45,0671
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.286, 131.975, 138.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
OYE2 isoform 1 / NADPH dehydrogenase 2 / ene-reductase OYE2


分子量: 45066.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OYE2, GI526_G0002963 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PXJ0, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8 % w/v PEG 20,000/ 0.1 M Sodium acetate pH 4.5 0.25 M Potassium bromide 8 % v/v PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.19 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 42.47 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 394986
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 26082 / CC1/2: 0.738

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1oya

1oya


解像度: 2.45→49.19 Å / SU ML: 0.3143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.5727
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 6816 5.05 %
Rwork0.1889 128182 -
obs0.1908 134998 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12598 0 154 326 13078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011913099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54217784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08721828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00912328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.07524827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.480.30662170.31644268X-RAY DIFFRACTION99.69
2.48-2.510.37622070.31064353X-RAY DIFFRACTION99.63
2.51-2.540.30382330.28544286X-RAY DIFFRACTION99.65
2.54-2.570.29212140.27374325X-RAY DIFFRACTION99.54
2.57-2.60.31622380.28484268X-RAY DIFFRACTION99.65
2.6-2.640.29042390.27054311X-RAY DIFFRACTION99.54
2.64-2.680.32282220.26054189X-RAY DIFFRACTION97.01
2.68-2.720.30032440.24164253X-RAY DIFFRACTION98.97
2.72-2.760.27842500.23294366X-RAY DIFFRACTION99.23
2.76-2.80.28332380.22014178X-RAY DIFFRACTION98.95
2.8-2.850.26652200.21684308X-RAY DIFFRACTION99.15
2.85-2.90.26982160.21894248X-RAY DIFFRACTION99.05
2.9-2.960.27452560.21124238X-RAY DIFFRACTION98.77
2.96-3.020.25082230.21054331X-RAY DIFFRACTION99.02
3.02-3.090.26472150.21344283X-RAY DIFFRACTION99.32
3.09-3.160.26273030.22294210X-RAY DIFFRACTION99.38
3.16-3.240.24282450.21714278X-RAY DIFFRACTION99.3
3.24-3.320.26672630.20574247X-RAY DIFFRACTION99.27
3.32-3.420.22072230.20054281X-RAY DIFFRACTION99.23
3.42-3.530.24591950.18774252X-RAY DIFFRACTION97.14
3.53-3.660.20951900.18874282X-RAY DIFFRACTION98.48
3.66-3.810.19192220.18224244X-RAY DIFFRACTION97.92
3.81-3.980.21811720.1764176X-RAY DIFFRACTION96.11
3.98-4.190.17772160.15434343X-RAY DIFFRACTION99.35
4.19-4.450.20542200.14934320X-RAY DIFFRACTION99.3
4.45-4.790.18712300.14384240X-RAY DIFFRACTION99.03
4.8-5.280.18022450.14814285X-RAY DIFFRACTION98.99
5.28-6.040.19712460.15784235X-RAY DIFFRACTION98.72
6.04-7.60.18062300.16114282X-RAY DIFFRACTION99.3
7.61-49.190.13791840.14434302X-RAY DIFFRACTION98.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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