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- PDB-7blf: Crystal structure of ene-reductase OYE4 from Botryotinia fuckelia... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7blf | ||||||
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Title | Crystal structure of ene-reductase OYE4 from Botryotinia fuckeliana (BfOYE4) | ||||||
![]() | Oxidored_FMN domain-containing protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADPH dehydrogenase | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robescu, M.S. / Bergantino, E. / Hall, M. / Cendron, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Asymmetric Proton Transfer Catalysis by Stereocomplementary Old Yellow Enzymes for C=C Bond Isomerization Reaction Authors: Robescu, M.S. / Cendron, L. / Bacchin, A. / Wagner, K. / Reiter, T. / Janicki, I. / Merusic, K. / Illek, M. / Aleotti, M. / Bergantino, E. / Hall, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 196.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 139.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bn6C ![]() 7bn7C ![]() 7bo0C ![]() 5nuxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49596.246 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: B05.10 / Gene: BCIN_13g05380 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 100 mM Na-HEPES, 28% v/v PEG 400 and 200 mM CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→92.07 Å / Num. obs: 96306 / % possible obs: 99.47 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 29.02 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 275861 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.227 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 22734 / CC1/2: 0.617 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5nux Resolution: 2.15→49.03 Å / SU ML: 0.2414 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.1742 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→49.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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