[日本語] English
万見
- PDB-7bn3: Crystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bn3
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of PABPC1 in complex with Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
要素
  • Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
  • Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
キーワードTRANSCRIPTION / PABPC1 / RNA binding / Nucleoprotein / Human coronavirus 229E
機能・相同性
機能・相同性情報


mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / poly(A) binding / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors ...mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / poly(A) binding / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / mRNA stabilization / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Translation initiation complex formation / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / cell leading edge / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / catalytic step 2 spliceosome / mRNA 3'-UTR binding / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif ...: / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyadenylate-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Badgujar, D.C. / Dobritzsch, D.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchSB16-0039 スウェーデン
Swedish Research Council2016-04965 スウェーデン
Swedish Research Council2016-04134 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Large-scale phage-based screening reveals extensive pan-viral mimicry of host short linear motifs
著者: Mihalic, F. / Simonetti, L. / Giudice, G. / Sander, M.R. / Lindqvist, R. / Peters, M.B.A. / Benz, C. / Kassa, E. / Badgujar, D. / Inturi, R. / Ali, M. / Krystkowiak, I. / Sayadi, A. / ...著者: Mihalic, F. / Simonetti, L. / Giudice, G. / Sander, M.R. / Lindqvist, R. / Peters, M.B.A. / Benz, C. / Kassa, E. / Badgujar, D. / Inturi, R. / Ali, M. / Krystkowiak, I. / Sayadi, A. / Andersson, E. / Aronsson, H. / Soderberg, O. / Dobritzsch, D. / Petsalaki, E. / Overby, A.K. / Jemth, P. / Davey, N.E. / Ivarsson, Y.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
B: Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
C: Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
F: Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
D: Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
E: Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,07610
ポリマ－34,6966
非ポリマー3804
水1,42379
1
A: Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
D: Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5652
ポリマ－11,5652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
2
B: Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
E: Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8495
ポリマ－11,5652
非ポリマー2843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
3
C: Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1
F: Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6613
ポリマ－11,5652
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.509, 150.065, 65.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C
14F
24D
15F
25E
16D
26E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA544 - 62610 - 92
21ALAALABB544 - 62610 - 92
12ALAALAAA544 - 62610 - 92
22ALAALACC544 - 62610 - 92
13ALAALABB544 - 62610 - 92
23ALAALACC544 - 62610 - 92
14PROPROFD2 - 132 - 13
24PROPRODE2 - 132 - 13
15ASNASNFD2 - 122 - 12
25ASNASNEF2 - 122 - 12
16ASNASNDE2 - 122 - 12
26ASNASNEF2 - 122 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Polyadenylate-binding protein 1 / Poly(A)-binding protein 1


分子量: 9636.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PABPC1, PAB1, PABP1, PABPC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11940
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein from Human Coronavirus 229E


分子量: 1929.113 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES sodium salt pH-6.5, 1.8 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→43.63 Å / Num. obs: 23731 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / Num. unique obs: 2268 / CC1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kuj

3kuj


解像度: 1.93→39.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.893 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 1125 4.7 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1949 22588 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.57 Å2 / Biso mean: 49.752 Å2 / Biso min: 33.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→39.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2142 0 21 79 2242
Biso mean--72.58 55.04 -
残基数----286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.6442991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.5624994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8895282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.48925.16989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.24315388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.273157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02344
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A23800.09
12B23800.09
21A23840.09
22C23840.09
31B23830.1
32C23830.1
41F2470.19
42D2470.19
51F2300.11
52E2300.11
61D2300.14
62E2300.14
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 70 -
Rwork0.296 1629 -
all-1699 -
obs--98.09 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る