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- PDB-7bmk: ATP-Competitive Partial Antagonists-'PAIR's-Rheostatically Modula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bmk
タイトルATP-Competitive Partial Antagonists-'PAIR's-Rheostatically Modulate IRE1alpha's Kinase Helix-alphaC to Segregate its RNase-Mediated Biological Outputs
要素Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Kinase / kinase inhibitor / transferase / transferase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / peptidyl-serine autophosphorylation / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRE1-RACK1-PP2A complex ...peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / peptidyl-serine autophosphorylation / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRE1-RACK1-PP2A complex / platelet-derived growth factor receptor binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / nuclear inner membrane / endothelial cell proliferation / IRE1-mediated unfolded protein response / mRNA catabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / regulation of macroautophagy / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to endoplasmic reticulum stress / Hsp70 protein binding / RNA endonuclease activity / positive regulation of RNA splicing / cellular response to glucose stimulus / ADP binding / Hsp90 protein binding / cellular response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-U4N / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Feldman, H.C. / Ghosh, R. / Auyeung, V. / Mueller, J.L. / Vidadala, V.N. / Olivier, A. / Backes, B.J. / Zikherman, J. / Papa, F.R. / Maly, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK100623 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)U01DK123609 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: ATP-competitive partial antagonists of the IRE1 alpha RNase segregate outputs of the UPR.
著者: Feldman, H.C. / Ghosh, R. / Auyeung, V.C. / Mueller, J.L. / Kim, J.H. / Potter, Z.E. / Vidadala, V.N. / Perera, B.G.K. / Olivier, A. / Backes, B.J. / Zikherman, J. / Papa, F.R. / Maly, D.J.
履歴
登録2021年1月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,91738
ポリマ－99,1252
非ポリマー3,79236
水11,331629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint90 kcal/mol
Surface area37090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.903, 72.813, 119.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1292-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 562 - 963 / Label seq-ID: 19 - 420

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 / Inositol-requiring protein 1 / hIRE1p / Ire1-alpha / IRE1a


分子量: 49562.590 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE AND NUCLEASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERN1, IRE1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75460, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

-
非ポリマー , 6種, 665分子

#2: 化合物 ChemComp-U4N / 2,2,2-tris(fluoranyl)-~{N}-[4-[3-[2-[[(3~{S})-piperidin-3-yl]amino]pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl]oxynaphthalen-1-yl]ethanesulfonamide


分子量: 558.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25F3N6O3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 10.00 %v/v 2-PropOH 13.00 %w/v PEG 4K 0.10 M Na3 Cit

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999999701977 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999701977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→91.59 Å / Num. obs: 91213 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.89
反射 シェル解像度: 1.85→2.1 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 28858 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→91.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.348 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2411 2.6 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1922 88799 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.59 Å2 / Biso mean: 42.17 Å2 / Biso min: 15.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å2-0.08 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→91.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6461 0 252 641 7354
Biso mean--57.12 46.25 -
残基数----798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.989345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.303315068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2425847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70123.333321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.688151134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9011550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021622
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9320 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 194 -
Rwork0.462 6585 -
all-6779 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.34380.3344-3.32050.7237-0.2174.7470.1240.11620.05160.1647-0.02150.2638-0.221-0.4745-0.10250.0887-0.02070.04050.0991-0.01110.2224.07-6.05342.289
23.22560.13681.01682.48040.69464.49070.08450.407-0.0958-0.23680.2087-0.26970.05160.6866-0.29330.02750.00260.01930.1599-0.07070.04752.888-2.61923.553
38.50940.241-2.26630.64790.26743.0630.0192-0.25440.298-0.0390.09480.3927-0.0683-0.4939-0.1140.12130.02070.04340.2480.06640.354-2.121-20.20726.302
42.43510.2345-0.06993.17210.7724.13720.05370.1212-0.068-0.01290.1662-0.47170.34850.373-0.21980.0921-0.02970.02210.1151-0.06850.089446.33-19.5214.869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A561 - 645
2X-RAY DIFFRACTION2A831 - 963
3X-RAY DIFFRACTION3B562 - 645
4X-RAY DIFFRACTION4B831 - 963

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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