+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bly | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the chitin deacetylase AngCDA from Aspergillus niger | ||||||
要素 | Aspergillus niger contig An12c0130, genomic contig | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / chitin deacetylase chitosan Aspergillus niger | ||||||
機能・相同性 | キチンデアセチラーゼ / chitin deacetylase activity / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / マロン酸 / Aspergillus niger contig An12c0130, genomic contig 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aspergillus niger CBS 513.88 (黒麹菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Roret, T. / Bonin, M. / Hembach, L. / Moerschbacher, B.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: In silico and in vitro analysis of an Aspergillus niger chitin deacetylase to decipher its subsite sugar preferences. 著者: Bonin, M. / Hameleers, L. / Hembach, L. / Roret, T. / Cord-Landwehr, S. / Michel, G. / Moerschbacher, B.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bly.cif.gz | 124.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7bly.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bly.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7bly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7bly | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2y8uS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26378.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus niger CBS 513.88 (黒麹菌) 遺伝子: An12g04480 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QZC8, キチンデアセチラーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4 M sodium malonate 0.1 M Bis-Tris propane pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980116 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→48.94 Å / Num. obs: 27485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 77.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.85 Å / 冗長度: 79.66 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1613 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.771 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Y8U 解像度: 1.81→42.38 Å / SU ML: 0.1542 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.7975 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→42.38 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 27.4440831873 Å / Origin y: 46.9700749366 Å / Origin z: -15.7570582655 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 24 through 239) |