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- PDB-7bly: Structure of the chitin deacetylase AngCDA from Aspergillus niger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bly
タイトルStructure of the chitin deacetylase AngCDA from Aspergillus niger
要素Aspergillus niger contig An12c0130, genomic contig
キーワードHYDROLASE / chitin deacetylase chitosan Aspergillus niger
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin deacetylase / chitin deacetylase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Contig An12c0130, genomic contig
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger CBS 513.88 (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Roret, T. / Bonin, M. / Hembach, L. / Moerschbacher, B.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: In silico and in vitro analysis of an Aspergillus niger chitin deacetylase to decipher its subsite sugar preferences.
著者: Bonin, M. / Hameleers, L. / Hembach, L. / Roret, T. / Cord-Landwehr, S. / Michel, G. / Moerschbacher, B.M.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspergillus niger contig An12c0130, genomic contig
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5814
ポリマ－26,3791
非ポリマー2033
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.874, 119.874, 119.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Space group name HallP423
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-z,y
#3: x,z,-y
#4: z,y,-x
#5: -z,y,x
#6: -y,x,z
#7: y,-x,z
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y,x,-z
#20: -y,-x,-z
#21: z,-y,x
#22: -z,-y,-x
#23: -x,z,y
#24: -x,-z,-y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-543-

HOH

21A-623-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aspergillus niger contig An12c0130, genomic contig


分子量: 26378.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus niger CBS 513.88 (黒麹菌)
遺伝子: An12g04480 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QZC8, chitin deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4 M sodium malonate 0.1 M Bis-Tris propane pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980116 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→48.94 Å / Num. obs: 27485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 77.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.81→1.85 Å / 冗長度: 79.66 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1613 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.771 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Coot0.8.9.2モデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y8U

2y8u


解像度: 1.81→42.38 Å / SU ML: 0.1542 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.7975
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1855 1357 4.94 %
Rwork0.1526 26127 -
obs0.1542 27484 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→42.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 9 230 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88912422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3274652
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.870.25141400.2212556X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.950.24311380.18752534X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.040.20481240.16552586X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.150.18161520.15672545X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.280.19421390.15222545X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.460.231220.17222600X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.70.18471560.16612583X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.090.21691330.16852625X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.90.16741050.13122699X-RAY DIFFRACTION100
3.9-42.380.14651480.1332854X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.4440831873 Å / Origin y: 46.9700749366 Å / Origin z: -15.7570582655 Å
111213212223313233
T0.172169925973 Å20.0187916856149 Å20.0044218662078 Å2-0.136480413718 Å2-0.0138189512141 Å2--0.146449550306 Å2
L0.512467387346 °2-0.123924672835 °20.197502561895 °2-1.01471786771 °20.0805594146028 °2--1.3723489156 °2
S0.0525854501731 Å °0.0452713014239 Å °-0.00463294428249 Å °0.0489537371205 Å °0.0137212508676 Å °0.00864913990354 Å °0.121752298344 Å °0.0890830476979 Å °0.00152512923287 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 24 through 239)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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