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- PDB-7bll: Structure of SusD homologue BT3013 from Bacteroides thetaiotaomicron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bll
タイトルStructure of SusD homologue BT3013 from Bacteroides thetaiotaomicron
要素SusD homolog
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Bacteroides thetaiotaomicron / surface glycan-binding protein (SusD homologue) / gut microbiome / mucins
機能・相同性SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SusD homolog
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Costa, R.L.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BIA-MIB/31730/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for mucin-type O-glycan recognition by proteins of a Bacteroides thetaiotaomicron polysaccharide utilization loci
著者: Costa, R.L. / Correia, V.G.
履歴
登録2021年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5893
ポリマ－73,4211
非ポリマー1682
水10,269570
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.530, 65.830, 87.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1227-

HOH

21A-1246-

HOH

31A-1330-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SusD homolog / Surface glycan-binding protein (SusD homologue) from Bacteroides thetaiotaomicron


分子量: 73420.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3013
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A3E1
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein at 14mg/ml 30% w/v PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→86.57 Å / Num. obs: 372154 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 17.66 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / Num. unique obs: 19950 / CC1/2: 0.939

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.76→56.97 Å / SU ML: 0.2002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.8474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 6359 5.12 %
Rwork0.1626 117871 -
obs0.1645 124230 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→56.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4825 0 11 570 5406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01225010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11926820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5136703
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.780.28022240.22953990X-RAY DIFFRACTION99.29
1.78-1.80.32251720.21713904X-RAY DIFFRACTION99.51
1.8-1.820.29562090.23353934X-RAY DIFFRACTION99.4
1.83-1.850.31382110.23573926X-RAY DIFFRACTION99.02
1.85-1.870.28542270.23323928X-RAY DIFFRACTION99.4
1.87-1.90.26651990.21753948X-RAY DIFFRACTION99.26
1.9-1.930.2382290.22073845X-RAY DIFFRACTION99.22
1.93-1.950.27272210.22033947X-RAY DIFFRACTION99.29
1.95-1.980.27112600.24583832X-RAY DIFFRACTION99.15
1.98-2.020.24452310.22713908X-RAY DIFFRACTION99.33
2.02-2.050.22122010.19934008X-RAY DIFFRACTION99.27
2.05-2.090.23422210.17463867X-RAY DIFFRACTION99.3
2.09-2.130.21032060.17674004X-RAY DIFFRACTION99.29
2.13-2.170.23222270.183803X-RAY DIFFRACTION99.33
2.17-2.220.23672240.18293945X-RAY DIFFRACTION99.33
2.22-2.270.24852770.17253926X-RAY DIFFRACTION99.43
2.27-2.330.23422110.16853885X-RAY DIFFRACTION99.22
2.33-2.390.23832240.18823850X-RAY DIFFRACTION99.03
2.39-2.460.22991750.16143947X-RAY DIFFRACTION99.02
2.46-2.540.19461690.15154082X-RAY DIFFRACTION99.63
2.54-2.630.15821960.15623911X-RAY DIFFRACTION99.39
2.63-2.740.20611930.14763944X-RAY DIFFRACTION99.69
2.74-2.860.17722170.14493987X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-3.010.16682260.15073882X-RAY DIFFRACTION99.76
3.01-3.20.19371760.15713923X-RAY DIFFRACTION99.73
3.2-3.450.18131980.14543996X-RAY DIFFRACTION99.64
3.45-3.80.15552330.12873937X-RAY DIFFRACTION99.78
3.8-4.340.13961850.11633973X-RAY DIFFRACTION99.81
4.35-5.470.13572020.12163952X-RAY DIFFRACTION99.31
5.47-56.970.18162150.15813887X-RAY DIFFRACTION99.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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