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- PDB-7blg: Structure of CBM BT3015C from Bacteroides thetaiotaomicron in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7blg
タイトルStructure of CBM BT3015C from Bacteroides thetaiotaomicron in complex with galactose
要素family 32 carbohydrate-binding module from Bacteroides thetaiotaomicron
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Bacteroides thetaiotaomicron / carbohydrate-binding module / gut microbiome / mucins / galactose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Putative binding domain, N-terminal / Bacteroidetes-Associated Carbohydrate-binding Often N-terminal / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. / Peptidase M60-like family / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain ...: / Putative binding domain, N-terminal / Bacteroidetes-Associated Carbohydrate-binding Often N-terminal / Peptidase family M60 domain / Peptidase M60, enhancin-like domain 3 / Peptidase M60, enhancin and enhancin-like / Peptidase family M60 domain profile. / Peptidase M60-like family / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Carbohydrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Costa, R.L.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BIA-MIB/31730/2017 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for mucin-type O-glycan recognition by proteins of a Bacteroides thetaiotaomicron polysaccharide utilization loci
著者: Costa, R.L. / Correia, V.G.
履歴
登録2021年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: family 32 carbohydrate-binding module from Bacteroides thetaiotaomicron
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1383
ポリマ－17,9181
非ポリマー2202
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.853, 34.524, 47.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.953, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 family 32 carbohydrate-binding module from Bacteroides thetaiotaomicron


分子量: 17917.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3015
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A3D9
#2: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein at 8mg/ml 0.12 M monosaccharides (0.2 M D Glucose; 0.2 M D Mannose; 0.2 M D Galactose; 0.2 M L Fucose; 0.2M D Xylose; 0.2 M N Acetyl D Glucosamine), 0.1 M buffer system (1.0 M pH 7.5 ...詳細: Protein at 8mg/ml 0.12 M monosaccharides (0.2 M D Glucose; 0.2 M D Mannose; 0.2 M D Galactose; 0.2 M L Fucose; 0.2M D Xylose; 0.2 M N Acetyl D Glucosamine), 0.1 M buffer system (1.0 M pH 7.5 Sodium HEPES; MOPS) and 37.5% precipitant (25% v/v MPD; 25% w/v PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→36.4 Å / Num. obs: 35097 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.17→1.19 Å / Num. unique obs: 1844 / CC1/2: 0.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4a41

4a41


解像度: 1.18→36.4 Å / SU ML: 0.0967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.7806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1738 1795 5.12 %
Rwork0.1574 33284 -
obs0.1582 35079 88.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→36.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1108 0 13 176 1297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00491189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81691611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0866171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6691172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.18-1.210.23291440.2392680X-RAY DIFFRACTION93.67
1.21-1.240.26311390.23572687X-RAY DIFFRACTION93.79
1.24-1.280.23961110.22351973X-RAY DIFFRACTION68.64
1.28-1.330.20961490.20132724X-RAY DIFFRACTION95.2
1.33-1.380.1841530.19052704X-RAY DIFFRACTION94.85
1.38-1.450.19941530.17842762X-RAY DIFFRACTION95.86
1.45-1.520.21091170.16942037X-RAY DIFFRACTION78.7
1.53-1.620.18871400.16252645X-RAY DIFFRACTION95.47
1.62-1.740.16281320.1592565X-RAY DIFFRACTION88.14
1.74-1.920.16881560.15882816X-RAY DIFFRACTION97.76
1.92-2.20.19051470.14482833X-RAY DIFFRACTION97.87
2.2-2.770.18681130.15882098X-RAY DIFFRACTION72.11
2.77-36.40.14211410.13852760X-RAY DIFFRACTION92.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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