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万見
- PDB-7bkf: Crystal structure of WT BA3943, a CE4 family pseudoenzyme from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bkf
タイトルCrystal structure of WT BA3943, a CE4 family pseudoenzyme from Bacillus Anthracis
要素Putative polysaccharide deacetylase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Polysaccharide / Deacetylase / Peptidoglycan / Pseudoenzyme / Sporulation.
機能・相同性Sporulation protein, polysaccharide deacetylase, YlxY / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / Putative polysaccharide deacetylase
機能・相同性情報
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.139 Å
データ登録者Molfetas, A. / Kokkinidis, M.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)316223 ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The resurrection of a dead enzyme
著者: Molfetas, A. / Tomatsidou, N. / Bouriotis, V. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4176
ポリマ－32,9111
非ポリマー5065
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.441, 58.614, 78.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative polysaccharide deacetylase / Uncharacterized protein ylxY / WT BA3943


分子量: 32910.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌)
遺伝子: ylxY, BA_3943, A9486_19545, BASH2_01993, COL95_11150
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6H3AKM9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: (NH4)2SO4 CH3COONA PH=5 / PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.139→40.7 Å / Num. obs: 92525 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.0872 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 11.14
反射 シェル解像度: 1.14→1.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 12163 / CC1/2: 0.16 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HPA

6hpa


解像度: 1.139→40.656 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 2100 2.27 %
Rwork0.1673 90401 -
obs0.1682 92501 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.78 Å2 / Biso mean: 24.2257 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.139→40.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2302 0 28 249 2579
Biso mean--44.8 42.56 -
残基数----281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7193302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.964937
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.1392-1.16570.4541020.4181438371
1.1657-1.19480.47811210.4041520183
1.1948-1.22710.40031290.3616558590
1.2271-1.26320.371390.3308597497
1.2632-1.3040.30521450.27356215100
1.304-1.35060.26721440.24096223100
1.3506-1.40470.3021440.21416217100
1.4047-1.46860.25031450.19736230100
1.4686-1.54610.19741450.15796251100
1.5461-1.64290.18581460.14326259100
1.6429-1.76980.2091450.14186267100
1.7698-1.94790.16551460.1386297100
1.9479-2.22970.19071470.13616309100
2.2297-2.80910.17251480.15576386100
2.8091-40.6560.18751540.1526604100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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