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- PDB-7bjk: Crystal structure of the chloroplastic Fe superoxide dismutase PA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bjk
タイトルCrystal structure of the chloroplastic Fe superoxide dismutase PAP9 from Arabidopsis thaliana.
要素Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron superoxide dismutase / chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast nucleoid / chloroplast thylakoid / thylakoid / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / response to UV / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Cobessi, D. / Blanvillain, R. / Pfannschmidt, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0031 フランス
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2021
タイトル: The Plastid-Encoded RNA Polymerase-Associated Protein PAP9 Is a Superoxide Dismutase With Unusual Structural Features.
著者: Favier, A. / Gans, P. / Boeri Erba, E. / Signor, L. / Muthukumar, S.S. / Pfannschmidt, T. / Blanvillain, R. / Cobessi, D.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
B: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
C: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
D: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
E: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,74310
ポリマ－154,4165
非ポリマー3275
水7,188399
1
A: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
B: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8974
ポリマ－61,7662
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
D: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8974
ポリマ－61,7662
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
3
E: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
ヘテロ分子

E: Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8974
ポリマ－61,7662
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_857-x+3,y,-z+21
Buried area1780 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.090, 83.010, 118.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.759, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-487-

HOH

21E-409-

HOH

31E-462-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Fe] 2, chloroplastic / Protein ALBINO OR PALE GREEN 8 / Protein FE SUPEROXIDE DISMUTASE 2


分子量: 30883.131 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FSD2, APG8, At5g51100, MWD22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LU64, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG3350 from 15 to 19 %, 0.1 M BisTris pH 6.5, 0.2 M NaNO3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.2 Å / Num. obs: 83998 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.87
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 2.32 % / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 5642 / CC1/2: 0.605 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UNF

1unf


解像度: 2.25→48.2 Å / SU ML: 0.3014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.7445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 4080 4.86 %
Rwork0.1794 79860 -
obs0.1814 83940 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8593 0 5 399 8997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89412044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05361274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.67853139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.280.38111230.33962506X-RAY DIFFRACTION86.37
2.28-2.30.32251200.31642508X-RAY DIFFRACTION85.91
2.3-2.330.31551340.29262461X-RAY DIFFRACTION86.18
2.33-2.360.30031540.27112720X-RAY DIFFRACTION93.89
2.36-2.40.34611320.27092819X-RAY DIFFRACTION96.72
2.4-2.430.2891290.26032781X-RAY DIFFRACTION96.49
2.43-2.470.35111290.26032783X-RAY DIFFRACTION96.07
2.47-2.510.31631520.26232796X-RAY DIFFRACTION96.18
2.51-2.550.29261280.25732811X-RAY DIFFRACTION96.17
2.55-2.590.32371550.25052766X-RAY DIFFRACTION96.34
2.59-2.640.29821260.24082780X-RAY DIFFRACTION95.84
2.64-2.690.26921550.25022774X-RAY DIFFRACTION95.47
2.69-2.740.27751410.22942754X-RAY DIFFRACTION94.64
2.74-2.80.28031390.20812752X-RAY DIFFRACTION95.76
2.8-2.870.23921460.18992802X-RAY DIFFRACTION95.56
2.87-2.940.22371530.17962755X-RAY DIFFRACTION95.75
2.94-3.020.23941300.19732799X-RAY DIFFRACTION95.69
3.02-3.110.27851480.20062784X-RAY DIFFRACTION95.41
3.11-3.210.25031600.20342782X-RAY DIFFRACTION96.08
3.21-3.320.21741330.20242751X-RAY DIFFRACTION95.53
3.32-3.460.20141420.17382797X-RAY DIFFRACTION95.55
3.46-3.610.21741360.16042801X-RAY DIFFRACTION95.48
3.61-3.80.20691510.15842793X-RAY DIFFRACTION96.08
3.8-4.040.19531570.14752750X-RAY DIFFRACTION95.69
4.04-4.350.15441360.12772826X-RAY DIFFRACTION95.89
4.35-4.790.14871430.11232802X-RAY DIFFRACTION95.4
4.79-5.480.17851580.1232784X-RAY DIFFRACTION95.18
5.48-6.910.19291330.15292828X-RAY DIFFRACTION95.03
6.91-48.20.1661370.15362795X-RAY DIFFRACTION92.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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