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- PDB-7bjc: Inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali in complex with sucrose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bjc
タイトルInulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali in complex with sucrose
要素Levansucrase
キーワードTRANSFERASE / inulosucrase / levansucrase
機能・相同性levansucrase activity / Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / carbohydrate utilization / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / sucrose / Levansucrase
機能・相同性情報
生物種Halalkalicoccus jeotgali B3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of an inulosucrase from Halalkalicoccus jeotgali B3T, a halophilic archaeal strain.
著者: Ghauri, K. / Pijning, T. / Munawar, N. / Ali, H. / Ghauri, M.A. / Anwar, M.A. / Wallis, R.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_entity_branch_descriptor
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Levansucrase
B: Levansucrase
C: Levansucrase
D: Levansucrase
E: Levansucrase
F: Levansucrase
G: Levansucrase
H: Levansucrase
I: Levansucrase
J: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)479,50520
ポリマ－476,08310
非ポリマー3,42310
水00
1
A: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Levansucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9512
ポリマ－47,6081
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.746, 141.804, 169.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31(chain C and (resid 9 through 413 or resid 480))
41(chain D and (resid 9 through 413 or resid 480))
51chain E
61(chain F and (resid 9 through 413 or resid 480))
71chain G
81chain H
91(chain I and (resid 9 through 413 or resid 480))
101chain J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA9 - 413
211chain BB9 - 413
311(chain C and (resid 9 through 413 or resid 480))C0
411(chain D and (resid 9 through 413 or resid 480))D0
511chain EE9 - 413
611(chain F and (resid 9 through 413 or resid 480))F0
711chain GG9 - 413
811chain HH9 - 413
911(chain I and (resid 9 through 413 or resid 480))I0
1011chain JJ9 - 413

-
要素

#1: タンパク質
Levansucrase


分子量: 47608.250 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halalkalicoccus jeotgali B3 (古細菌)
遺伝子: HacjB3_04715, C497_03082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8J9C2
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis Tris propane-HCl, pH 7.5 and 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.89 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→60.6 Å / Num. obs: 76873 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.11→3.28 Å / Num. unique obs: 3844 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.766 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D47

4d47


解像度: 3.11→60.6 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 3761 4.92 %
Rwork0.2435 72718 -
obs0.2446 76479 77.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.23 Å2 / Biso mean: 55.5557 Å2 / Biso min: 12.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→60.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31758 0 230 0 31988
Biso mean--56.79 --
残基数----4054
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
12B19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
13C19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
14D19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
15E19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
16F19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
17G19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
18H19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
19I19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
110J19691X-RAY DIFFRACTION11.308TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.11-3.150.3385390.357280384223
3.15-3.190.3805480.359784989724
3.19-3.230.3871420.362793697827
3.23-3.280.3711520.36991041109330
3.28-3.330.3047690.34821230129936
3.33-3.380.3852740.34481390146440
3.38-3.440.3338780.32961620169846
3.44-3.50.3166930.31291815190853
3.5-3.560.35021020.31852211231363
3.56-3.630.34041280.30462552268073
3.63-3.70.34231840.31022962314686
3.7-3.780.31561690.29663303347295
3.78-3.870.2881660.28713451361798
3.87-3.970.29381800.27973403358399
3.97-4.070.3121950.25143467366299
4.07-4.190.29581800.24933463364399
4.19-4.330.25021830.23163418360199
4.33-4.480.24531660.20563460362699
4.48-4.660.24221700.19043461363199
4.66-4.880.22231770.18833473365099
4.88-5.130.21981740.19743484365899
5.13-5.450.25091900.19973447363799
5.45-5.870.2211610.20883486364799
5.87-6.470.21831630.20743497366099
6.47-7.40.22052140.2123456367099
7.4-9.320.18831810.1893510369199
9.32-60.60.211830.21483530371398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29351.3461-0.3243.8823-0.50841.33780.33970.51880.16850.1110.42240.0158-0.1636-0.781-0.16730.38830.31250.166-0.5733-0.712-0.12665.81994.064111.4174
22.1084-0.84890.17841.8898-1.3093.46950.43640.1731-0.1749-0.4939-0.069-0.29190.60180.3025-0.20360.37290.06790.05160.1769-0.1250.343530.7168-21.099880.0123
31.2968-0.7968-0.51381.9256-0.48432.4739-0.01050.179-0.1148-0.22130.1958-0.21110.18080.1761-0.09320.1053-0.0631-0.04190.2592-0.11730.302861.663347.716840.9669
41.53980.0508-0.67842.2393-0.34811.60920.1766-0.03820.0793-0.1868-0.0637-0.0823-0.10290.1256-0.08650.33940.03930.11580.1064-0.07160.22373.362117.79975.4869
50.59520.7291-0.51892.9846-0.37584.13050.2842-0.8426-0.11030.112-0.35630.33460.0695-1.15420.158-0.11730.40240.12160.0788-0.36090.304979.8203-3.769680.9041
61.8925-0.31180.05461.9881-0.62852.6402-0.2397-0.11020.46050.08330.0295-0.1877-0.66750.03720.11990.34320.0622-0.07390.17-0.10450.291134.4311-55.087836.4371
71.14422.2690.2272.5132-0.30093.19231.3127-0.45131.43650.0781-0.7892-0.0640.6993-1.5808-0.0644-0.3282-0.1169-0.54711.3908-0.271-0.2476-7.374465.511540.3943
82.19331.02111.28222.6863-0.27934.43080.48870.4831-0.86090.0748-0.0884-0.05280.79850.4189-0.20740.16970.216-0.10350.0927-0.29480.546781.513-29.287940.4727
91.317-0.7881.14872.7531-0.19293.20890.3957-0.4146-0.5671-0.17570.00130.18730.7724-0.7202-0.25960.419-0.1437-0.20.92630.19110.37843.927-29.49390.7318
101.11640.404-0.88852.15960.9261.77740.22710.25520.1920.0953-0.1462-0.1522-0.4413-0.5378-0.07250.36960.32340.11750.6230.08980.264820.91744.677828.1528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 9 through 413)A9 - 413
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 9 through 413)B9 - 413
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 9 through 414)C9 - 414
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 9 through 414)D9 - 414
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 9 through 413)E9 - 413
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 9 through 414)F9 - 414
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 9 through 413)G9 - 413
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 9 through 413)H9 - 413
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' and resid 9 through 414)I9 - 414
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'J' and resid 9 through 413)J9 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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