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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bhb | |||||||||
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タイトル | Escherichia coli YtfE E159L | |||||||||
![]() | Iron-sulfur cluster repair protein YtfE | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / di-iron | |||||||||
機能・相同性 | ![]() response to nitrosative stress / protein repair / response to oxidative stress / iron ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Silva, L.S.O. / Matias, P.M. / Romao, C.V. / Saraiva, M.L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of RICs Iron Donation for Iron-Sulfur Cluster Biogenesis. 著者: Silva, L.S.O. / Matias, P.M. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 212.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24704.361 Da / 分子数: 2 / 変異: C30A C31A E159L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: ytfE, b4209, JW4167 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P69506 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % / 解説: needle shapped |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, PEG 4000, magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→86.81 Å / Num. obs: 11106 / % possible obs: 55.1 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 47.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.828 / Num. unique obs: 556 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.479 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5FNN 解像度: 2.36→46.4 Å / SU ML: 0.3637 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.004 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→46.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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