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- PDB-7bh8: 3H4-Fab HLA-E-VL9 co-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bh8
タイトル3H4-Fab HLA-E-VL9 co-complex
要素
  • 3H4 Fab heavy chain
  • 3H4 Fab light chain
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
  • VL9 leader peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Fab Fragment MHC class I molecule Human leukocyte antigen E
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation ...positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of interleukin-4 production / beta-2-microglobulin binding / MHC class I protein binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of protein binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / receptor ligand activity / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walters, L.C. / Rozbesky, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1133649 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M019837/1 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5UM1AI12661905 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Mouse and human antibodies bind HLA-E-leader peptide complexes and enhance NK cell cytotoxicity.
著者: Li, D. / Brackenridge, S. / Walters, L.C. / Swanson, O. / Harlos, K. / Rozbesky, D. / Cain, D.W. / Wiehe, K. / Scearce, R.M. / Barr, M. / Mu, Z. / Parks, R. / Quastel, M. / Edwards, R.J. / ...著者: Li, D. / Brackenridge, S. / Walters, L.C. / Swanson, O. / Harlos, K. / Rozbesky, D. / Cain, D.W. / Wiehe, K. / Scearce, R.M. / Barr, M. / Mu, Z. / Parks, R. / Quastel, M. / Edwards, R.J. / Wang, Y. / Rountree, W. / Saunders, K.O. / Ferrari, G. / Borrow, P. / Jones, E.Y. / Alam, S.M. / Azoitei, M.L. / Gillespie, G.M. / McMichael, A.J. / Haynes, B.F.
履歴
登録2021年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
D: Beta-2-microglobulin
G: 3H4 Fab heavy chain
H: 3H4 Fab light chain
E: 3H4 Fab heavy chain
F: 3H4 Fab light chain
P: VL9 leader peptide
Q: VL9 leader peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,89021
ポリマ－192,92910
非ポリマー96111
水21,1141172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23370 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area72980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.433, 73.695, 159.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.632, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / MHC class I antigen E


分子量: 31824.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-E, HLA-6.2, HLAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13747
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PQ

#5: タンパク質・ペプチド VL9 leader peptide


分子量: 1000.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 GEHF

#3: 抗体 3H4 Fab heavy chain


分子量: 26090.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 3H4 Fab light chain


分子量: 25670.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 1183分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M NA HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 293.5 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→54.74 Å / Num. obs: 196943 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.289 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 9653 / CC1/2: 0.724

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GH4, 6HGU

6gh4

6hgu


解像度: 1.8→54.74 Å / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2392
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 9845 5 %
Rwork0.1954 186976 -
obs0.1972 196821 98.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→54.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12839 0 61 1172 14072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004513220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.683217946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04861929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.88324801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.48863160.45366076X-RAY DIFFRACTION96.53
1.82-1.840.40143120.41876161X-RAY DIFFRACTION96.97
1.84-1.860.40312910.38026109X-RAY DIFFRACTION96.82
1.86-1.890.39393110.35676190X-RAY DIFFRACTION96.94
1.89-1.910.3333510.31956019X-RAY DIFFRACTION97.04
1.91-1.940.343280.29366223X-RAY DIFFRACTION97.18
1.94-1.970.31563410.27176088X-RAY DIFFRACTION97.36
1.97-20.30063010.25626256X-RAY DIFFRACTION97.4
2-2.030.26843420.24396096X-RAY DIFFRACTION97.4
2.03-2.060.29983430.24386120X-RAY DIFFRACTION97.57
2.06-2.10.28833340.23836201X-RAY DIFFRACTION97.64
2.1-2.130.25873260.22476200X-RAY DIFFRACTION97.71
2.13-2.180.25023160.22826210X-RAY DIFFRACTION97.83
2.18-2.220.26553150.21816226X-RAY DIFFRACTION97.93
2.22-2.270.25983360.21226174X-RAY DIFFRACTION97.98
2.27-2.320.25723590.20826210X-RAY DIFFRACTION98.03
2.32-2.380.27143000.21056265X-RAY DIFFRACTION98.25
2.38-2.440.25853110.20756213X-RAY DIFFRACTION98.27
2.44-2.510.27893110.21016255X-RAY DIFFRACTION98.38
2.51-2.60.24783320.20526242X-RAY DIFFRACTION98.44
2.6-2.690.2573520.20696257X-RAY DIFFRACTION98.64
2.69-2.80.253220.2056262X-RAY DIFFRACTION98.64
2.8-2.920.24493420.20156327X-RAY DIFFRACTION98.76
2.92-3.080.23313410.19826273X-RAY DIFFRACTION98.88
3.08-3.270.25563470.19376255X-RAY DIFFRACTION99.01
3.27-3.520.22993070.19036407X-RAY DIFFRACTION99.1
3.52-3.880.20233560.17476314X-RAY DIFFRACTION99.26
3.88-4.440.17783380.15926377X-RAY DIFFRACTION99.36
4.44-5.590.16393320.14146411X-RAY DIFFRACTION99.47
5.59-54.740.21913320.18096559X-RAY DIFFRACTION99.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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