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- PDB-7bh5: XFEL structure of the ertapenem-derived CTX-M-15 acylenzyme after... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bh5
タイトルXFEL structure of the ertapenem-derived CTX-M-15 acylenzyme after mixing for 2 sec using a piezoelectric injector (PolyPico)
要素Beta-lactamase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / serial crystallography / beta-lactamase / antibiotic / ertapenem / XFEL
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TVE / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Tooke, C.L. / Butryn, A. / Spencer, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J014400/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: An on-demand, drop-on-drop method for studying enzyme catalysis by serial crystallography.
著者: Butryn, A. / Simon, P.S. / Aller, P. / Hinchliffe, P. / Massad, R.N. / Leen, G. / Tooke, C.L. / Bogacz, I. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / Brewster, A.S. / Devenish, N.E. / Brem, J. / Kamps, J.J. ...著者: Butryn, A. / Simon, P.S. / Aller, P. / Hinchliffe, P. / Massad, R.N. / Leen, G. / Tooke, C.L. / Bogacz, I. / Kim, I.S. / Bhowmick, A. / Brewster, A.S. / Devenish, N.E. / Brem, J. / Kamps, J.J.A.G. / Lang, P.A. / Rabe, P. / Axford, D. / Beale, J.H. / Davy, B. / Ebrahim, A. / Orlans, J. / Storm, S.L.S. / Zhou, T. / Owada, S. / Tanaka, R. / Tono, K. / Evans, G. / Owen, R.L. / Houle, F.A. / Sauter, N.K. / Schofield, C.J. / Spencer, J. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M.
履歴
登録2021年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8294
ポリマ－28,2931
非ポリマー5363
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.850, 45.493, 117.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28292.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaCTX-M-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: G3G192, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-TVE / (2~{S},3~{R},4~{R})-3-[5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl]sulfanyl-4-methyl-5-[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-pyrrole-2-carboxylic acid


分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N3O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 307 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.2399 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→58.78 Å / Num. obs: 35730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 134.23 % / Biso Wilson estimate: 22.37 Å2 / CC1/2: 0.961 / R split: 0.21 / Net I/σ(I): 39.566
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 48.45 % / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 1751 / CC1/2: 0.097 / R split: 1.232 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 1.4 µm2 / Pulse duration: 10 fsec. / Pulse energy: 450 µJ / Pulse photon energy: 10 keV
Serial crystallography sample delivery解説: Acoustic droplet ejection on conveyor belt with mixing using a pizoelectric injector
手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
cctbx.xfelデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6qw8

6qw8


解像度: 1.55→31.94 Å / SU ML: 0.2419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.597
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 1783 5.01 %
Rwork0.1779 33834 -
obs0.1791 35617 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→31.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1943 0 18 143 2104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07272760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2993760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.40691280.42722509X-RAY DIFFRACTION97.41
1.59-1.640.49761240.40772518X-RAY DIFFRACTION97.63
1.64-1.690.35381640.3312528X-RAY DIFFRACTION99.93
1.69-1.750.29621710.24982548X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.820.27341510.22242570X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.910.22681120.20852596X-RAY DIFFRACTION99.96
1.91-2.010.24881450.18622581X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.130.19021270.1742619X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.30.21131300.16772595X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.530.19681270.16852640X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.890.20891290.16952643X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.640.14161120.15092681X-RAY DIFFRACTION100
3.64-31.940.16451630.14782806X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.682467408913.36520557654-2.247612391397.74134982694-3.360976005815.8706077081-0.1584135254020.444404633976-0.541314244484-0.5206841334180.10651705101-0.6213955256460.2926160110060.09194094213220.07583429423680.2072936540690.0101555848070.01977342958790.254539552305-0.05789654632240.280775261485.20836422929-20.5742786924.08588975226
21.94594520354-0.597986288756-0.9353370229381.89111962340.3305057929111.1206537769-0.00750488843594-0.1961793073640.05342326878460.1611316479640.01733690004260.0584923733320.04357670982140.08428444663150.002349313346760.202641917429-0.0165479774101-0.0219367766920.2161066680880.002999624556080.168870084212-5.59263063328-11.51144486823.798717604
36.53414899773-2.0703956974-3.479055646325.670079397193.429258120592.98258597040.08970012825190.2278856015980.254305924313-0.479535437548-0.08275357607660.386353790389-0.450267720232-0.02153157506540.03765540930270.2569011245370.00806646864239-0.02967212664470.208139237760.03414638710760.274471462811-15.73274695877.926944460618.5427515529
46.46174430701-2.36408737161.217859132742.91683561961-0.3439204811580.70216376412-0.0121775002567-0.01969787296540.07037651151620.09000571252590.006681596840980.129747048126-0.00216336735707-0.01371667136150.008453999084060.170815466334-0.02359003331640.02247210859880.157551769602-0.002157096579350.139955797849-9.16092381109-3.1877796639325.6003523933
50.7914750398270.277938870982-0.01925641670421.083508776210.2927165447091.157993543250.0104380268774-0.00600083450348-0.00824072964283-0.00718707540660.0009569754361010.05128878132730.0302070365236-0.0317827849686-0.01189074670890.1766689246060.00732513850807-0.001945219649530.1608349259810.0024881981520.163295171777-5.01889805849-12.665897735417.5799539363
66.868858876294.29409105788-3.082281271373.3281121069-3.378164564493.93128028719-0.01434933983670.183994566222-0.191453028996-0.2968623259130.00701758848769-0.1583977535890.2117814837810.0663886661675-0.1413461208030.2152116827410.02589697609870.01801492459990.145042634727-0.0576961357360.122543322255-2.35623927708-14.80833519727.71838858788
74.77748563846-1.276851840190.6731850697683.48061078395-3.49226482013.60602093615-0.008367283218480.331391817048-0.0541710528983-0.5959002547220.1952228930860.1124733126420.29606206091-0.135949795034-0.1070352512790.271035513525-0.0152417129129-0.002471586433890.223946785785-0.02867786059440.158296675048-3.60871612941-19.61052476673.1521401537
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 28 through 51 )28 - 511 - 24
22chain 'A' and (resid 52 through 96 )52 - 9625 - 70
33chain 'A' and (resid 97 through 115 )97 - 11571 - 89
44chain 'A' and (resid 116 through 155 )116 - 15590 - 131
55chain 'A' and (resid 156 through 250 )156 - 250132 - 230
66chain 'A' and (resid 251 through 273 )251 - 273231 - 253
77chain 'A' and (resid 274 through 287 )274 - 287254 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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