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- PDB-7bfl: X-ray structure of SS-RNase-2 des116-120 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bfl
タイトルX-ray structure of SS-RNase-2 des116-120
要素Angiogenin-1
キーワードHYDROLASE / RNase / deletion mutant / Salmo salar / ancient ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / angiogenesis / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmo salar (タイセイヨウサケ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Sica, F. / Russo Krauss, I. / Troisi, R.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: The structural features of an ancient ribonuclease from Salmo salar reveal an intriguing case of auto-inhibition.
著者: Sica, F. / Russo Krauss, I. / Troisi, R. / Bosso, A. / Culurciello, R. / Carluccio, C. / Trapani, M. / Merlino, A. / Mazzarella, L. / Pizzo, E.
履歴
登録2021年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Angiogenin-1
B: Angiogenin-1
C: Angiogenin-1
D: Angiogenin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7824
ポリマ－53,7824
非ポリマー00
水68538
1
A: Angiogenin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4451
ポリマ－13,4451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiogenin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4451
ポリマ－13,4451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Angiogenin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4451
ポリマ－13,4451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Angiogenin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4451
ポリマ－13,4451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.070, 93.070, 66.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Refine code: _

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNTHRTHRAA4 - 1185 - 119
211GLNGLNTHRTHRBB4 - 1185 - 119
122ASNASNTHRTHRAA3 - 1184 - 119
222ASNASNTHRTHRCC3 - 1184 - 119
133ASNASNGLYGLYAA3 - 1164 - 117
233ASNASNGLYGLYDD3 - 1164 - 117
144GLNGLNILEILEBB4 - 1175 - 118
244GLNGLNILEILECC4 - 1175 - 118
155GLNGLNILEILEBB4 - 1175 - 118
255GLNGLNILEILEDD4 - 1175 - 118
166ASNASNILEILECC3 - 1174 - 118
266ASNASNILEILEDD3 - 1174 - 118

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Angiogenin-1 / Angiogenin-1 precursor / SS-RNase-2


分子量: 13445.399 Da / 分子数: 4 / 変異: des116-120 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmo salar (タイセイヨウサケ)
遺伝子: ANG1, ang1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5XAZ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.2 M sodium chloride and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月6日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→70 Å / Num. obs: 13043 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.889 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.88→3.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1832 / CC1/2: 0.411

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BFK

7bfk


解像度: 2.88→67.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / SU B: 27.65 / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.466 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3076 705 5.2 %RANDOM
Rwork0.2588 ---
obs0.2613 12745 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.06 Å2 / Biso mean: 49.462 Å2 / Biso min: 3.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.09 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→67.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 0 38 3372
Biso mean---28.85 -
残基数----442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.6434593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0791.597436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.95326.277137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23815600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.171151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0290.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02705
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A28290.13
12B28290.13
21A29130.12
22C29130.12
31A29130.12
32D29130.12
41B28320.12
42C28320.12
51B28700.11
52D28700.11
61C28540.11
62D28540.11
LS精密化 シェル解像度: 2.884→2.959 Å /
反射数%反射
Rwork885 -
obs-94.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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