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- PDB-7bfg: Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, V37... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bfg
タイトルCircular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, V37A mutant.
要素30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / native stacking / / designed amyloid fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Circular permutant of ribosomal protein S6
著者: Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.
履歴
登録2021年1月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
B: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
J: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
K: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
L: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
C: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
D: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
E: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
F: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
H: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6
I: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,24212
ポリマ－121,24212
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15860 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area51210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.315, 75.933, 223.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 / TS9 / TS9


分子量: 10103.496 Da / 分子数: 12 / 変異: V37A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpsF, TTHA0245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citrate 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→111.87 Å / Num. obs: 45056 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Num. unique obs: 2253 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.029-2.2296.81.2470.7010.5131.35172.6
6.576-111.8685.50.0840.9990.0390.09299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ris

1ris


解像度: 2.01→111.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 18.151 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.585 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2793 2223 4.9 %RANDOM
Rwork0.2474 ---
obs0.249 42921 62.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.63 Å2 / Biso mean: 38.834 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→111.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8508 0 0 50 8558
Biso mean---31.4 -
残基数----1032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0178208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.65411640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2741.57718888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59951020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34420.98612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.404151608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.88915120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021908
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.059 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.512 12 -
Rwork0.331 304 -
obs--6.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1268-0.8601-0.51951.60460.28541.767-0.09950.002-0.05560.083-0.01430.029-0.031-0.0240.11380.08440.02640.02510.00970.00380.0655-2.59572.9962195.7529
22.6815-1.3848-0.3572.5715-0.80431.5569-0.01970.0220.05360.031-0.2045-0.1063-0.05540.02890.22420.13950.0396-0.00410.04270.00260.04655.53399.4406214.5543
30.37070.2336-0.90991.15170.72864.07760.02150.17920.02490.19820.0405-0.07910.3572-0.5719-0.0620.1814-0.06090.06150.12030.0120.0872-3.85289.8243140.2351
41.5381.4040.62882.0252-1.47395.9427-0.0942-0.0608-0.0474-0.4166-0.0353-0.10430.8526-0.02170.12950.2244-0.02410.02270.0616-0.02040.0213.9762.7836158.513
52.73840.1035-0.38530.0470.26633.47860.09590.18720.01650.0107-0.0272-0.0408-0.1705-0.1102-0.06870.0953-0.0242-0.00710.05050.04670.0762.389912.535177.4508
60.9219-0.49270.31592.3871-0.64533.09360.0714-0.00840.0049-0.0673-0.09480.13610.0484-0.11380.02340.1143-0.0058-0.00750.0168-0.02340.0495-4.62847.52269.3879
73.194-0.32560.39721.51980.13840.8338-0.07240.02780.0653-0.0219-0.0285-0.0754-0.1007-0.0210.1010.05630.0252-0.01050.06530.02680.03721.310912.797884.2124
82.6543-1.7246-0.11172.716-0.66221.50270.08890.078-0.0611-0.1259-0.18290.10770.1112-0.0430.09390.08270.0368-0.03670.0401-0.03810.0449-6.10755.9376103.0866
91.34790.11410.15242.64880.76731.6020.05-0.03250.02850.0125-0.0322-0.18390.087-0.1186-0.01780.0806-0.006-0.03610.01040.00460.07775.03018.0692120.9897
100.63890.3622-0.0722.7305-0.18611.56160.0063-0.0691-0.042-0.1327-0.0087-0.0594-0.01450.1550.00250.1097-0.05320.00850.0471-0.0050.03525.00514.969628.1192
112.49281.48451.11622.6290.64322.4666-0.2016-0.0057-0.02740.11930.07730.0928-0.1345-0.09190.12430.0709-0.00420.01040.0272-0.00290.0368-2.634313.39745.8519
121.93780.2971-0.90151.4555-0.42562.43610.00470.1347-0.0364-0.1087-0.01220.02810.2303-0.08640.00750.0712-0.00230.00570.1197-0.00070.0035-1.66464.41564.9325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-39 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2B-39 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3J-39 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4K-39 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5L-39 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6C-39 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7D-39 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8E-39 - 46
9X-RAY DIFFRACTION9F-39 - 46
10X-RAY DIFFRACTION10G-39 - 46
11X-RAY DIFFRACTION11H-39 - 46
12X-RAY DIFFRACTION12I-39 - 46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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