[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7bff: Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, I25... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bff | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated, I25A mutant. | ||||||
![]() | 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 | ||||||
![]() | RIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / native stacking / / designed amyloid fibril | ||||||
Function / homology | ![]() rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Circular permutant of ribosomal protein S6 Authors: Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 217 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 177 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 458 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 463.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7bfcC ![]() 7bfdC ![]() 7bfeC ![]() 7bfgC ![]() 1risS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 10089.470 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: I25A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / Gene: rpsF, TTHA0245 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M sodium thiocyanate 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.66→68.07 Å / Num. obs: 59779 / % possible obs: 83.8 % / Redundancy: 6.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 370499 / Scaling rejects: 156 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1ris Resolution: 1.66→50.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.136 / SU ML: 0.081 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.23 Å2 / Biso mean: 28.263 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.66→50.19 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.66→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|